公司在设立之初会签订设立协议，而在公司成立时会有提交到工商登记机关备案的公司章程，这两份书面文件所记载的的内容并不完全一致，但在发生纠纷时在一定程度上都是书面的证据和依据，只是这两者之间有什么关系，又该如何选择适用却不是每位股东都了解的。
公司常常由多人发起成立，在设立初期发起人之间大多会签订设立协议，以明确各自的权利义务；而公司章程作为法律规定的要式文件在公司成立时会提交工商登记机关备案，其主要内容是公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式和金额、董监高人事、会议召集、争议解决等公司章程和设立协议都会涉及到的事项,因此公司设立协议和公司章程常常具有一致性和相同性。由此也导致公司股东之间以及公司与股东之间发生争执和诉讼后，各自为了己方的利益选择利于自己的协议或者章程作为依据，而与此同时，相对的当事人也往往会以相对应的章程或者协议作为其抗辩的理由。比如在司法实务中常常出现设立协议和公司章程中的股东出资额不一致，一方向另一方主张权利时起诉到法院，是按章程还是按出资协议呢？
公司章程虽然以设立协议为基础，并且吸收设立协议的基本内容，包括：公司的组织机构、股份转让、出资、增资减资、合并分立、公司解散终止的情形等。即设立协议和公司章程具有一致性，但是，两者的性质和功能却有以下四个方面的不同。
1、设立协议和公司章程的效力期间不同，时间顺序上设立协议在前，公司章程在后。设立协议产生在公司成立前即公司的设立阶段，经发起人协商达成一致签字盖章即具有法律效力,故设立协议是调整公司设立过程中发起人之间的法律关系和法律行为，这是一个就成立公司达成的意向性、框架性协议，对各位发起人具有法律约束力。公司章程是以公司成立为前提的，提交给工商管理登记机关备案后，领取营业执照之时即公司正式成立后才能生效，对股东具有约束力，对公司运营过程中各项事务处理基本都会围绕章程展开，意向式“设立协议”因为公司的正式成立变成了“公司章程”。
2、设立协议不是公司设立的必要法律文件，不经签订设立协议也照样可以成立公司。而任何公司登记成立都必须将公司章程提交给工商管理机关登记备案，是法律规定的必备文件。此外我国《公司法》第八十条规定“股份有限公司发起人承担公司筹办事务。发起人应当签订发起人协议，明确各自在公司设立过程中的权利和义务。”即在股份有限公司成立过程中我国法律规定了发起人必须签订发起人协议。
3、设立协议是不要式法律文件，根据当事人之间的意思表示形成，其内容更多的体现了当事人的意志和要求，属于契约，适用合同法的一般规则；而公司章程依据公司法制定，是要式法律文件，以不能违反法律、和行政法规的规定为前提。
4、设立协议和公司章程约束的对象不同，设立协议是全体发起人订立的，相应调整的是发起人之间的各种关系，在发起人之间具有法律约束力，因此公司设立过程中产生的权利和义务，发起人按照设立协议的约定承担。而公司章程调整的是股东之间、公司与股东之间、公司与公司的治理机构之间的法律关系，即对原始发起人股东有约束力，也对按照公司章程和公司法规定后加入公司的股东具有约束力。
由以上的设立协议和章程的几点区别，我们可以得出：公司章程是法律规定的必备的法律文件，产生在设立协议之后。因此在公司成立后，应当以公司章程作为准则。设立协议和公司章程发生矛盾时以公司章程规定为准，发起协议只对原始的发起人具有约束力。
这是否意味着只要发生在公司成立前的纠纷解决就依公司设立协议，发生在公司成立后的争议就依公司章程呢？这在司法实践中却不尽然，各个地区，甚至相同地区的各个法院相似的案情却出现完全相反的判例亦不少见。
事实上涉及公司设立行为和设立协议的争议经常起因于某方发起人违反出资义务的行为，按照设立协议出资不到位，但满足章程中出资的相关规定，即设立协议和章程中出资规定不相一致。在公司成立之后，如果公司经营顺利，股东之间融洽，大家便相安无事。而一旦公司经营发生重大困难，股东之间陷入僵局，此时已履行出资义务的一方会提出解散公司、追究股东出资不到位的责任进而取消股东的股东资格和股权等等诉讼请求。而提出以及裁判此种请求究竟应依据设立协议还是公司章程呢？下面就解散、出资以及股东资格股权确认问题分别论之：
解散公司是终止公司法律人格的重大法律行为，是公司存续期间最为重要的法律事项。根据《公司法解释二》第一条单独或者合计持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，以下列事由之一提起解散公司诉讼，并符合公司法第一百八十三条规定的，人民法院应予受理：
（一）公司持续两年以上无法召开股东会或者股东大会，公司经营管理发生严重困难的；
（二）股东表决时无法达到法定或者公司章程规定的比例，持续两年以上不能做出有效的股东会或者股东大会决议，公司经营管理发生严重困难的；
（三）公司董事长期冲突，且无法通过股东会或者股东大会解决，公司经营管理发生严重困难的；
（四）经营管理发生其他严重困难，公司继续存续会使股东利益受到重大损失的情形。
股东以知情权、利润分配请求权等权益受到损害，或者公司亏损、财产不足以偿还全部债务，以及公司被吊销企业法人营业执照未进行清算等为由，提起解散公司诉讼的，人民法院不予受理。
《公司法》的第一百八十一条：公司因下列原因解散：
（一）公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；
（二）股东会或者股东大会决议解散；
（三）因公司合并或者分立需要解散；
（四）依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；
（五）人民法院依照本法第一百八十三条的规定予以解散。可见公司的解散只能基于以上公司法规定的原因，其中包括与公司法不相抵触为公司法所承认的由公司章程所规定的解散事由，因此，任何解散公司的请求的提出必须依照上述法律和为法律所承认章程规定，也只有符合上述的法定理由才可能获得法庭的支持。即排除了设立协议作为公司解散之依据，试想只在发起人之间具有约束力的设立协议怎么能决定未来股东关之间的关系和公司法律人格有无？
此外已完成出资一方股东对未完成出资另一方责任的追究也是最为常见的诉讼请求，事实上出资决定了各方的权利、义务、责任、地位，因此不论对于发起人还是股东，出资都是首先要达成一致的问题，这也决定了股东的出资责任成为公司法至为关注的问题，而设立协议无权另行约定，设立协议约定的只是发起人之间的出资，而非股东出资。对于未履行或未完全履行出资义务的行为，公司法规定了未完成出资股东的出资足额填补责任和以及非货币财产出资不实时其他发起人的连带责任。这种责任的追究属于公司对股东的权利，而不属于股东对股东的权利，相应的诉讼当事人应以公司为原告，以未出资的股东为被告，但《公司法》第二十八条第二款规定：股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任，表明股东可以违约为由追究另一方股东的出资责任，但“违约”中的“约”应该是指章程而不是设立协议，因为这里是“股东违约”而不是“发起人违约”。同时，对出资责任的追究是公司法的强制性规定，违反出资义务就必须要承担出资责任的法律后果，无论公司本身还是公司的股东都无权通过协议改变或放弃，如果公司不予追究，股东有权代表公司提起诉讼或者以“违约”提起诉讼。如果放任不履行出资的行为持续，将构成公司法上的违法行为——虚假出资。因此对于公司成立后股东出资责任的追究应以章程和公司法为依据。
另外对股东资格和股权的认定是更进一步的法律问题，未履行出资义务是否当然丧失或根本就不享有股权，是需要专门研究的复杂问题，但至少有两点可以肯定：其一，在未完全履行出资义务的情况下，股东在其已出资金额范围内享有的股权是不可否定的。其二，在任何情况下，对股权的认定，包括股权的转让和处置都只能根据公司章程和公司法的规定，而不是根据设立协议。
所以说通常情况下解散、出资以及股权股东资格的认定的依据应该是公司章程，但在司法实践中区分不同情况适用设立协议也是完全可能的，章程和设立协议关系之复杂重要也可见一般。
公司设立协议与公司章程有所联系，又有所不同，它们只是在公司设立以及到成立的过程中出现的不同的法律文件，约束的对象也有所不同，在适用时也不得不考虑具体的实际情况，尽量避免“公说公有理婆说婆有理”的情形出现。