由于建设工程本身的复杂性，导致相当多的工程款纠纷案件会遇到各种各样的疑难、复杂的法律问题，许多案件成为久拖不决。而且由于工程款纠纷久拖不决，常常导致农民工工资也被拖欠。司法手段是解决工程款拖欠纠纷最重要最有效的手段，在承接工程之初到工程施工到工程结束，施工单位都需要时刻运用法律武器，以保障工程款的清收。
一、严把建设工程合同签订关，尽量完善合同条款。
过去建设单位和施工单位签订施工合同时，往往套用《建筑安装工程施工合同》格式范本，该范本由于制定时间较早，其中的许多条款已经不再符合当前的法律规定及适应市场需要，为此，建设部和国家工商行政管理局为了配合国家近年来一系列法律法规的实施，专门拟定了一套新的《建设工程施工合同》示范文本用于签订合同，该范本由“协议书”、“通用条款”、“专用条款”以及“工程质量保证书”等部分组成，合同条款格式严谨，且符合刚颁布的《合同法》、《建筑法》、《建筑工程质量管理条例》等法律规定，能够最大限度保护施工单位的合法权益。
二、要求建设单位提供按期付款的履约担保。
为了使建设单位即发包方一开始就能够及时支付工程款，双方可以在合同中约定由发包方对应付的工程价款提供相应财产作为担保，也可以由第三方来提供担保，担保的方式可以是连带责任保证。这样将来万一发包方无力支付拖欠工程款时，承包方即可用发包方用以担保的财产来清偿债务，或者要求第三方承担保证责任，从而使承包人的风险尽可能地降到最低。
三、正确运用《合同法》第286条行使对所建设工程的法定抵押权。
根据《建筑法》及《合同法》第279条规定，“建设工程竣工验收合格的，发包人应当按照合同约定支付价款”，建设工程承包合同的承包人按约建成了房屋，且竣工验收合格，但发包人迟迟不付清工程款，根据以往法律规定，承包人无法将所建房屋进行折价或拍卖以抵偿工程款，例如根据我国1995年通过的《担保法》规定，因保管合同、运输合同、加工承揽合同发生的债权，债务人不履行债务的，债权人有权行使留置权，但该留置权仅限于动产，承包人不能对诸如房屋等不动产行使留置权，而发包人往往又无其他财产可供清偿，造成承包人垫付的巨额工程款无法收回，这显然损害了承包人的合法权益。因此，《合同法》本着保护承包人利益的原则，在第286条中明确规定承包人对所建工程具有法定抵押权，即“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖，建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿”。
（一）这里所称的“价款”是指发包人依建设工程合同之约定应支付给承包人的承包费，包括承包人施工所付出劳动的报酬、所投入材料和因施工所垫付的其他费用，以及因合同发生的损害赔偿，即报酬请求权、垫付款项请求权及损害赔偿请求权。
（二）承包人在行使法定抵押权时，并应当注意遵循以下程序：
1、催告发包人，即在发包人未按照合同约定支付价款时，承包人有权催告发包人在合理期限内支付价款，这是行使法定抵押权的必经程序。承包人在留置发包人的财产后，应当确定2个月以上的期限，通知发包人在该期限内履行债务；
2、协议将该工程折价。在承包人催告中所确定的合理期限内，发包人仍然逾期不支付价款的，除按照建设工程性质不宜折价的以外（高速公路、政府办公楼、铁路桥梁等），承包人可以与发包人协议将该工程折价，即双方协商确定该工程的价格，将该建设工程出卖给第三人，并从所获工程款中优先受偿，即当发包人有两个以上的债权人时，承包人可优先于其他债权人从拍卖所得价款中受偿。
3、依法拍卖。在承包人与发包人无法就工程折价达成协议，或者发包人拒绝进行协议时，除依照建设工程的性质不宜进行拍卖的以外，承包人有权申请人民法院将该工程拍卖。我国已于1997年正式实施《拍卖法》，承包人可依法将该建设工程进行拍卖，并且有权就拍卖所得价款优先受偿。
（三）对于发包人在施工过程中已将该工程抵押给了银行的情形，即银行和承包人同时对该工程设定了担保物权，对于工程拍卖所得价款究竟谁更优先受偿的问题，从《合同法》的立法背景可知，第286条款指的就是法定抵押权，在法定抵押权和约定抵押权并存时，无论约定抵押权发生在前和在后，根据“法定权利优先于约定权利”的原则，法定抵押权均应优先于约定抵押权行使。建筑工程是靠承包人付出劳动和垫付资金建造的，如果允许约定抵押权优先行使，则无异于以承包人的资金来清偿发包人的其他债务，等与发包人将自己的欠债转嫁给本属于第三人的承包人，违背了公平及诚实信用原则。法定抵押权是法律为保护承包人利益而特别赋予的权利，作为承包人，施工单位应该积极加以运用。
（四）如果建设工程为商品房，且在竣工之前发包人（开发商）已经分别与消费者订立房屋买卖合同，在发包人拖欠支付工程款时，即可能发生承包人法定抵押权与消费者权利的冲突。根据《城市房地产管理法》第44条规定“商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案”，若双方当事人已经在房地产部门办理了交易登记手续，则消费者已经取得房屋所有权，就该房屋而言，法定抵押权已归于消灭。若双方尚未办理交易登记手续，根据《最高人民法院关于适用〈合同法〉若干问题的解释（一）》第9条规定“法律、行政法规规定合同应当办理登记手续，但未规定登记后生效的，当事人未办理登记手续不影响合同的效力，合同标的物所有权及其他物权不能转移。”即双方当事人在尚未办理交易登记手续的情形下，该房屋仍应属于开发商所有，承包人对其仍享有法定抵押权。
（五）法定抵押权的行使方式：一是由发包人与承包人协议折价；二是承包人申请人民法院拍卖。这与《担保法》第五十三条规定的抵押权行使方式不同，该条规定“债务履行期届满抵押权人未受清偿的，可以与抵押人协议以抵押物折价或者以拍卖、变卖该抵押物所得的价款受偿；协议不成的，抵押权人可以向人民法院提起诉讼”。而按照《合同法》第286条规定“承包人既可以与发包人协议将该工程折价，也可以直接申请人民法院将该工程依法拍卖”，这里所规定的不是“提起诉讼”，而是“申请法院拍卖”，其立法意图是要改变担保法规定的抵押权行使方式，由承包人直接向法院申请执行抵押权，而无须通过诉讼程序。有关的具体申请执行程序，目前尚无专门规定，参照现行《民事诉讼法》有关执行程序的规定，承包人首先应该向法院提出申请，并举出证明法定抵押权存在及该法定抵押权具备执行条件的证据；法院受理申请后，应当通知发包人；发包人就法定抵押权是否成立及是否符合执行条件提出异议的，应当裁定终止执行程序，并驳回承包人之申请；承包人须另外提起确认之诉，以确认法定抵押权之成立，待获得生效的胜诉判决后，方能申请法院依法拍卖。
四、通过提起代位权诉讼保护承包人的合法利益。
过去承包人在承接完建设工程后，发包方往往以其对外债权收不回来为由拒不支付工程款，对此承包人往往无计可施。而新颁布的《合同法》对债的保全中的代位权诉讼作了明确规定，该法第73条规定“因债务人怠于行使其到期债权，对债权人造成损害的，债权人可以向人民法院请求以自己的名义代位行使债务人的债权”，《最高人民法院关于适用〈合同法〉若干问题的解释（一）》对如何行使代位权作了进一步的解释。这就从法律上明确赋予了承包人代位求偿的权利。
（一）在提起代位权诉讼时，应当符合如下条件：
1、债权人对债务人的债权必须合法，即按照承包人与发包人签订的工程施工合同，双方办理完结算手续后，发包人确实拖欠工程款未付。
2、债务人怠于行使其到期债权，并对债权人造成损害。这主要是指债务人不履行其对债权人的到期债务，又不以诉讼方式或者仲裁方式向其债务人主张其享有的具有金钱给付内容的到期债权，致使债权人的到期债权未能实现，如果债务人仅仅曾经以口头或书面形式通知过其债务人而未提起诉讼或仲裁，仍然算是“怠于行使”。若债务人的债务人（即次债务人）不认为债务人有怠于行使其到期债权情况的，应当承担举证责任。
3、债务人的债权已经到期。而债权到期后债务人仍不愿意及时给付。
4、债务人的债权不是专属于债务人自身的债权。专属于债务人自身的债权主要是指基于扶养关系、抚养关系、赡养关系、继承关系产生的给付请求权和劳动报酬、退休金、养老金、抚恤金、安置费、人寿保险、人身伤害赔偿请求权等权利。
（二）提起代位权诉讼的法律程序：
1、债权人以次债务人（即债务人的债务人）为被告提起诉讼，由被告住所地人民法院管辖，债务人列为本案的第三人。
2、债权人请求人民法院对次债务人的财产采取保全措施的，应当提供相应的财产担保。
3、在代位权诉讼中，此债务人对债务人的抗辩，可以直接向债权人主张。该抗辩包括诉讼时效届满的抗辩、抵消的抗辩、同时履行抗辩等。
4、债务人在诉讼中对债权人的债权提出异议的，经审查异议成立，人民法院应当裁定驳回债权人的起诉。
5、债权人胜诉的，诉讼费由次债务人负担，从实现的债权中优先支付。
6、债权人向次债务人提起的代位权诉讼经人民法院审理后认定代位权成立的，由次债务人向债权人履行清偿义务，债权人与债务人、债务人与次债务人之间相应的债权债务关系即予消灭。
五、在执行过程中对被执行人的到期债权予以强制执行。
在目前的审判实践中，承包方往往没有提起代位权诉讼，而是直接起诉发包方，由法院判令发包方偿还所拖欠工程款，在执行过程中承包方往往发现发包方根本无力偿还，但发包方对第三人仍享有到期债权，对此，我国有关法律通过执行程序中的司法救济手段对承包方的利益进行了保护。根据《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第61条规定“被执行人不能清偿债务，但对本案以外的第三人享有到期债权的，人民法院可以依申请执行人或被执行人的申请，向第三人发出履行到期债务的通知。履行通知必须直接送达第三人。”即只要发包方对第三人有到期债权的，法院就可以追加其为本案的被执行人，要求其直接向承包人履行债务。
（一）履行通知应当包含下列内容：
1、第三人直接向申请执行人履行其对被执行人所负的债务，不得向被执行人清偿；
2、第三人应当在收到履行通知后的十五日内向申请执行人履行债务；
3、第三人对履行到期债权有异议的，应当在收到履行通知后的十五日内向执行法院提出；
4、第三人违背上述义务的法律后果。
（二）第三人对履行通知的异议一般应当以书面形式提出，口头提出的，执行人员应记入笔录，并由第三人签字或盖章。
（三）第三人在履行通知指定的期间内提出异议的，人民法院不得对第三人强制执行，对提出的异议不进行审查。第三人对债务部分承认、部分有异议的，可以对其承认的部分强制执行。
（四）第三人在履行通知指定的期限内没有提出异议，而又不履行的，执行法院有权裁定对其强制执行。此裁定同时送达第三人和被执行人。
（五）被执行人收到人民法院履行通知后，放弃其对第三人的债权或延缓第三人履行期限的行为无效，人民法院仍可在第三人无异议又不履行的情况下予以强制执行。
（六）应当注意的是，在对第三人做出强制执行裁定后，第三人确无财产可供执行的，不得就第三人对他人享有的到期债权强制执行。
总之，只要承包人灵活运用现行法律赋予的各种手段清收工程款，就一定能取得良好的效果。