在我国，国有独资公司在经济领域发挥着重要作用，其发展的好坏直接关系着国家经济发展的兴衰。经过多年的发展与改革，国有独资公司在建立现代企业制度方面取得了一定程度的进展，但在公司治理方面依然存在许多问题。董事会能否充分发挥作用，在很大程度上决定着公司的治理是否完善、有效。
国有独资公司监事会的设立
国有独资公司监事会主要由国务院或者国务院授权的机构、部门委派的人员组成，并有公司职工代表参加。监事会是对国有独资公司实施监督的机构。监事会设主席一人，监事会可以有若干人，但不得少于三人。监事会分为专职监事和兼职监事，从有关部门和单位选任的监事为专职；国务院有关部门、单位派出的监事和公司职工代表担任的监事为兼职。公司的董事、经理及财务负责人不得兼任监事。监事每届任期三年，其中监事会主席和专职监事、派出监事不得在同一企业连任。监事会主席和专职监事、派出监事实行回避原则，不得在其曾经管理过的行业、曾经工作过的企业或者其近亲属担任高级管理职务的公司的监事会中任职。
国有独资公司董事会的职权
根据《公司法》规定，在组织机构上，国有独资公司不设股东会，由国有资产监督管理机构代表国家行使出资人职责。国有独资公司设立董事会，董事会不但享有一般公司董事会的职权，还享有国有资产监督管理机构授予的一部分股东会职权，不但享有执行权，而且享有决策权，在公司治理结构中居于核心地位。经理层为公司的经营管理者，与董事会之间是聘用基础上的委托代理关系，其职权由法律列举和章程授权相结合的方式获得。监事会则负责对公司的管理进行日常监督。
国有独资公司董事会的职权主要有两部分的内容：一是根据公司法对有限责任公司董事会职权的规定来行使职权；二是根据国有独资公司不设立股东会而对董事会的授权来行使职权。
根据第一种情况和国有独资公司这种特定形式，董事会的职权为：
（1）执行国家授权投资的机构或者国家授权的部门的决定；
（2）决定公司的经营计划和投资方案；
（3）制订公司的年度财务预算方案、决算方案；
（4）制订公司的利润分配方案和弥补亏损方案；
（5）制订公司增加或者减少注册资本的方案；
（6）拟订公司合并、分立、变更公司形式、解散的方案；
（7）决定公司内部管理机构的设置；
（8）聘任或者解聘公司经理（总经理），根据经理的提名，聘任或者解聘公司副经理、财务负责人，决定其报酬事项；
（9）制定公司的基本管理制度。
对于国有独资公司因不设股东会而将其部分职权授予董事会行使的，授权的原则是董事会可以决定公司的某些重大事项，但授权的范围则由国家授权投资的机构或者国家授权的部门具体确定。
国有独资公司的法人治理存在的困境
很多国有企业改制而来的国有独资公司，董事长要代表董事会向职代会作报告，公司的战略规划要经过职代会批准才能实施，董事会要对出资人和职代会负双重责任。作为经营者的国有公司董事会夹在这两者之间，在做决策时如何取舍，是一个头疼的问题。问题的产生是改革和体制转轨过程中的问题，而问题的解决又受到公司法的限制，导致董事会难有实际作为。公司法为了保护职工的权益，在董事会和监事会设置上，都加进了有关职工参与企业管理和职工权益保护的条款。公司法规定的国有独资公司董事会看起来比一般公司有更大的职权，但是其董事会成员由国资监管机构委派，这样的董事会必然在听命于政府和迎合职工利益之间找不到自己的位置，从而丧失独立性。在实际运作中，很多董事会流于形式，而职代会则要认真对待，既有传统运作习惯的原因，也有公司法上的“法律依据”。
国有独资公司董事会缺乏独立性、运作不规范
董事会成员的委派、更换和董事长的产生主要由国资监管机构决定，加上对引入外部董事的评价、考核办法不够完善，缺乏激励和约束机制，外部董事没有发挥应有的作用，从而出现政企不分的现象。因为董事会是接受股东会委托，代表股东执行公司业务的权力机构，所以其成员只能通过股东会选举和任命，从而保持董事会的权威性。但受《公司法》规定的限制，董事会成员由国有资产监督管理结构委派，并有职工代表。这将会使董事会降低独立性，造成政府的政治利益和企业的经济利益相冲突。另外，董事长人选由国资委从董事会成员中指定，其法人代表身份更使得“位高权重”，集控制权、执行权与监督权于一身，其行为不受任何约束，造成超越职权，出现“关键人控制”现象，将会导致公司决策失误、国有资产流失、投资者利益受损、关键人腐败等问题。
国有独资公司的董事会是公司的决策机构，担负对公司重大事项进行决策的重任，但目前一些重大决策都是由国资委做出的，使董事会的主观能动性受到极大挫伤。另外，董事会拥有监督、选聘、考核和激励经理层的职责，但是其经理层的任命、业绩考核、薪酬标准制定都由国资委决定，董事会成了摆设，导致出现经理层不执行董事会决议，甚至是自作主张的情况，造成董事会机制失效。为避免上述情况，许多企业大多采用党政联席会的形式进行集体研究、集体决策、集体负责，往往就会出现无人负责的现象。这种决策机制的多样化，会使董事会作为决策核心的地位被弱化和形式化，导致公司内部权责分配机制以及层级体系的混乱。
由于国有独资公司不设股东会，而是由国家授权投资的机构或者国家授权的部门授权公司董事会行使股东会的部分职权，决定公司的重大事项。因此，设立国有独资公司董事会的目的，就是要逐步建立董事数量适中、结构合理、制度健全的董事会，进而形成与现代企业制度相适应的权责明确、运转协调的公司治理结构。