在公司经营过程中，由于种种原因，股东大会或者股东会、董事会在通过决议的内容或通过决议的程序方面违反了我国法律、行政法规和公司章程规定，因而该决议无论是在内容还是在程序上存在着瑕疵，为了保障公司的正常运转，保护公司相对人的合法利益，我国法律对此做出了相应的救济方式。
公司决议瑕疵的主要表现
依据我国关于公司法的规定，我们了解到公司决议的瑕疵既可能存在于形成决议的程序中，又可能存在于决议的内容中；无论是内容中的瑕疵还是程序中的瑕疵，都是违反相关的法律而存在的。
1、程序瑕疵
公司决议的产生自然要履行一定程序方可形成，只有按照规定的程序形成的决议才能保证决议参与者平等、充分的表达意思，也才能发生公司决议的效力。倘若公司决议在程序上存在瑕疵，就不能体现为所有应当享有表决权的决议参与者的真实意思表示，除非该决议做出后取得所有应当享有表决权的决议参与者的一致追认或默认。程序瑕疵发生于决议形成的过程之中，主要体现在会议召集程序和表决方式两个方面。程序瑕疵表现为会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程。根据法律的规定，做出决议的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或公司章程规定的可被撤销。
2、内容瑕疵
内容瑕疵与程序瑕疵相比其具有不可逆转性，被一些学者称之为“不可逆转的缺陷”，即不论公司采取何种补救措施均不得做出与此内容相同的决议。内容瑕疵主要表现为：决议内容违反民法、公司法的基本原则和具体规定；违反其他法律、行政法规的规定；违反公司章程。
根据我国法律的规定，公司决议内容违反法律、行政法规的无效，也就是说决议内容属于《合同法》规定的“违反法律、行政法规的强制性规定”的情形，可视为绝对无效。在该情形下，有关决议自做出之日起即为无效。同时如果公司决议的内容违反公司章程规定的则可被撤销。
公司决议瑕疵的法律救济
对于公司决议无论是内容上的违法，亦或是程序上的违法，我国的公司法对此提出了明确的处理方式，并且通过赋予一些股东的诉权来限制大股东的股权，以促进公司的正常发展，同时对于一些瑕疵的决议，根据相关的法律精神，赋予了公司可以采取其他的补救措施。
诉讼救济
我国的《公司法》对于公司的决议瑕疵做出了无效和撤销的两种处理方式，即公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议做出之日起六十日内，请求人民法院撤销。该规定明确了对公司决议瑕疵必须通过民事诉讼的司法救济方式予以救济，通过法院裁判公司瑕疵决议无效或撤销来实现决议瑕疵的纠正。
其他救济
首先是对于公司瑕疵的决议进行撤回和追认，对于缺乏非实质要件的公司决议，类同于可撤销和可追认的法律行为。股东大会决议是法律行为的一种形式，有关撤回和追认的法理对有瑕疵的公司决议应有适用的空间。
其次，对于公司瑕疵的决议进行有效的弥补，公司决议因程序上违反法律或章程的规定而引起的瑕疵应允许在一定条件下被弥补，该决议可视为依法做出当然这种治愈措施只适用于程序上的瑕疵，而不适用内容上的瑕疵：如在通知程序上存在瑕疵时，可通过事后取得该部分股东的同意而被治愈；会议召集程序存在瑕疵，可因全体应到会成员出席而予补救；通过公司章程的法定修改方式弥补之前决议违反章程的瑕疵。
第三，可以通过收购有异议的股东的股份，为了维持决议的稳定性，公司的大股东针对个别小股东准备就公司决议瑕疵提起诉讼的问题，可以通过协商以公平价格购买小股东所持股份，从而使异议小股东丧失起诉资格。
公司瑕疵决议的做出，主要是因为某些股东，尤其是大股东为了谋取一定的利益，而冒险采取违法的行为做出决议，这对于一些小股东的利益将产生不利的影响，为了维护大多数股东的合法股权，保持公司的稳定发展，我国的法律对此赋予了一些股东的诉讼权利；同时作为公司的经营者，应该建立健全相应的和解机制，在双方承认股东大会决议有效的前提下，基于该决议在召集程序上确有瑕疵的，要求其给与受害者相应的经济补偿。