很多合伙人企业开始阶段艰苦奋斗，可以一起面对各种困难，但一旦事业有了成效，在利益分配的时候却容易引发矛盾，最终合伙变散货，让人唏嘘不已。因此，设立合伙企业时，首先应着手准备一个明确的利益分配标准，有据可依，减少日后矛盾的发生。
合伙人之间的利益分配博弈
合伙企业不是法人，合伙企业的损益如何分配完全是合伙人自己的事情，由于合同的不完全性，合伙人不可能在合同初期把损益分配完全用合同的形式界定。损益分配公平程度如何，主要体现在以下几个方面：
1、风险承担与收益是否成正比。在合伙企业中，合伙人承担无限责任，由于合伙人在家庭财产、出资数额等方面存在不同，合伙人承担着不同的经营风险。对于承担责任较大的合伙人来说，投资风险在收益中应该体现出来。
2、投资数额与收益是否成正比。资本在市场经济中具有举足轻重的作用，是推动企业前进的润滑剂。在我国的合伙企业中，许多合伙企业是通过亲情或友情的连接方式成立，合伙人往往忽略资本参与收益分配的重要性。资本作为重要的生产要素，参与利益分配是市场经济发展成熟的重要表现。如果合伙人采取平均主义的形式分配收益，合伙人之间必须要达成协议：利用合同的形式规定无论合伙人投资多少，利益分配均采用平均分配的形式。如果存在上述情况，根据“经济人”假设条件，那么所有投资者的选择会有两种，或者投入同样的资本份额，或者不进行合伙。
3、奉献与收益是否成正比。以按劳分配为主，兼顾效益与公平，不仅是我国国有企业遵循的分配原则，而且也应该成为合伙企业分配的重要原则。在合伙企业中，不仅存在投资数额不同及风险承担能力承担不同的现象，而且存在着许多合伙合同中无法规定的情况。体现在企业经营方面，包括决策制定、监督实施以及组织管理等等，这些工作对企业的作用是不同的，如何正确评价这些工作对组织的奉献，并在此基础上实施不同的奖励，是非常重要的。奉献与收益不成正比，合伙人之间容易出现矛盾，从而容易导致合伙企业的散伙。
企业在市场竞争中存在着巨大的风险，一不小心，企业就有倒闭的危险。对于合伙人来说，承担合伙企业不确定带来的风险，主要体现在对机会的选择上，即资金的机会成本价值。“经济人”假设认为，人的一切行为都表现为趋利避害，谋求自身利益最大化。资本投资不同的项目，收益会存在很大的差别，合伙人力求自身利益最大化，资本投资有不同的偏好，影响企业的存续性。假设存在一个项目需要投资，项目的决策模型如下：合伙人是否继续经营主要在于两者所获利益的对比，如果资本投资现有项目的收益大于潜在项目的收益，合伙企业可能继续经营下去；反之，企业面临散伙的危险。
合伙企业利益分配时应做股权预留
创业合伙人之间最容易起争端的问题之一就是股权分配，“逻辑思维”、“泡面吧”以及“西少爷肉夹馍”等创业公司的合伙人股权之争，令不少合伙创业者尤其关注合伙人之间的股权分配。
如今，创业的人越来越多，招贤纳士变得困难。如果在招聘的过程中，缺少预留股权，没有相应的股权激励，会影响合伙企业的竞争力，应聘者一般不会轻易应聘。合伙企业一定要预留股权，用来吸收新的合伙人。一般来说，预留的部分可以放在股权激励池里，新的入伙人加入后可再分配给他。
通常情况下，创始合伙人团队不要占100%股权，最好占80%-90%，留出10%-20%作为期权，吸引管理与技术等关键人才加入。如果一开始不留出期权，后期发展时，企业发展要引进人才，创始合伙人出让股权就会涉及到现实权益的利益分割，很容易出问题。股权预留可有效解决类似问题，预留出来的期权可由一人暂为保管，等到新的合伙人加入或人才引进时再做分配、处理。
合伙企业的一大特征就是生产经营活动中所获得的财富归合伙人共有，因而亏损亦由合伙人共同承担。利益分配应在合伙协议中明确规定，未经规定的可按合伙人出资比例分摊，或平均分摊，以免出现利益纠纷影响企业发展。