随着经济的发展，短期融资券作为我国货币市场的一个成功的金融创新产品，逐渐被市场及投资者所接受。为了促进我国短期融资券市场的健康、持续发展，不仅需要类似短期融资券这样的新的金融工具的创新开发，更需要法律法规的健全完善。
短期融资券的主要风险
短期融资券是指具有法人资格的企业，依照规定的条件和程序在银行间债券市场发行并约定在一定期限内还本付息的有价证券。关于短期融资券的主要风险有以下几种：
1、信用风险
由于公司治理结构不规范，违规成本低，与企业财务状况紧密相连的风险提示处于空白状态。部分企业为了达到低成本融资的目的，对披露的财务数据、经营业绩进行一定的修饰，隐藏了一定的信用风险。如果现有制度安排中隐藏的信用风险得不到及时发现和披露，一旦市场扩容，或经济环境变化，都会使信用风险迅速扩大。少数企业违约的信用风险有可能通过市场传导为系统风险，甚至影响到整个金融体系的稳定。
2、滚动发行机制隐含“短债长用”的投资风险
按现行规定，人民银行对企业发行融资券实行余额管理，监管部门只需控制融资券待偿余额不超过企业净资产的40%即可。这就使部分企业有可能绕过中长期企业债的限制，通过滚动发行短期融资券进行长期融资。由于监管缺失，难以避免企业将通过短期债融入的资金用作长期投资。任何中长期投资项目都面临市场、技术、产品等方面的风险，随着短期融资券发行规模的扩大，其隐含的投资风险将不断加大。
3、短期融资券风险可能向银行转移
这主要体现在三个方面：一是隐性担保的潜在风险。短期融资券是无担保信用债券，不少企业将银行授信额度作为提高偿债能力的条件，主承销银行出于自身利益，心甘情愿地提供隐性担保。一旦出现违约风险，企业的信用风险就可能向银行转移和积聚。二是银行自销、自买短期融资券，容易产生泡沫。一旦个别企业出现兑付风险，必然引发投资者对相同信用等级短期融资券产生质疑，可能引发大范围抛售，金融机构持有的短期融资券价值将迅速下降。如果银行将短期融资券作为流动性的重要工具，必然导致银行体系流动性风险的爆发。三是银行竞相承销短期融资券，互相挖客户，容易产生道德风险和违规风险。
4、信用评级不成熟，道德风险加大
突出表现在评级缺乏时效，使短期融资券发行时的评级出现终身化倾向；评级手段落后，大多采用长期债券的评级方法，没有短期债券的特性；评级标准不统一；监管主体缺位，至今没有明确评级机构的监管部门，有关法律法规不健全。
我国短期融资券的风险控制
短期融资券的发行和流通涉及到评级机构、发行主体、承销商、担保机构等多个市场主体，因此对短期融资券的风险控制也应当从多方面、多角度地考虑。
一是建立现代企业制度，完善公司治理结构。加快推进建立现代企业制度进程，完善公司法人治理结构，通过一套正式或非正式、内部或外部的制度或机制来协调公司与所有利益相关者之间的利益关系，以保证公司决策的科学化，从而维护公司各方面的利益。有效的公司治理结构可以提高企业在发券、投资、风险控制、财务管理和风险承担方面的自我约束力，有效地降低短期融资券的市场风险。
二是建立全面风险管理体系。全面风险管理体系是整个机构内各个层次的业务单位、各种风险的通盘管理。企业要建立整个企业范围内的风险管理体系，不仅必须懂得如何把所面对的风险统筹起来进行综合考虑，还要明确纳入风险管理的控制范围。企业在进行全面风险管理时需要在企业高层的参与下，部门间要加强风险管理的协调，风险管理的工作必须具有连续性，同时要扩大视野、全方位的把企业所有可能遇到的风险和机会都考虑进去。
各个市场主体对短期融资券的风险管理作用主要表现在两个方面：一方面各个主体通过各种风险防范措施有效控制主体内部的风险；另一方面各个主体间通过相互合作和监督减小市场其他主体的风险，从而提高融资券市场的整体抗风险能力。
短期融资券对于我国宏观经济的发展和各微观主体有着重要的意义，虽然短期融资券上市后就一直备受市场各界推崇，但是短期融资券同样有各种金融的潜在风险在阻碍其发展。为了正常运营短期融资券，投资者及市场应注意短期融资券的风险及其风险防范问题。