关联交易即关联人之间的交易，它既有促进公司规模经营、降低交易成本等积极作用，也存在违背市场公平竞争的负面影响。因此各国立法上，承认正当关联交易的同时也限制不公平关联交易。在我国，不公平关联交易广泛存在于上市公司的经营活动之中，而目前，我国上市公司关联交易存在诸多问题。
一、公司内部结构存在缺陷
这种缺陷表现在如下两个方面：（一）董事会严重内部化。董事会具有经营决策和监督管理层的双重职能。当董事会成员中控股股东选派董事的比例过高时，容易形成控股股东对董事会的高度控制，这将有利于控股股东自身目标的实现，使控股股东利用关联交易掠夺中小股东利益的这一代理问题可能更加严重。（二）监事会失效。监事会作为上市公司最重要的法人机关之一，被《公司法》赋予经营监督权利，但从我国的实践经验来看，监事会制度失效现象十分严重。我国公司采用的是单层董事会制度，与董事会平行的公司监事会仅有部分监督权，但是其行使监督职能所需要的事权、财权都受制于董事会和经理层，很难保证其独立性，从而大多成为受控于董事会和经理层的附庸。同时，监事会成员基本上是公司内部组成人员，由于受身份和行政隶属关系的制约，在监督过程中很难保持独立性。此外，监事缺乏必要的激励和约束机制，监事会与管理层信息不对称。致使监事会实际上成为受董事会控制的形式机构，对不公平关联交易无法起到应有的监督作用。
二、法律不健全
目前，我国规范关联交易的法规主要有:会计法规、证券监管法规和税法。由于监管视角和重点不同，这三个法规没能形成一个有机的整体，有些规定还存在一定的冲突，这无形中又为不公平关联交易的发生提供了可能。而我国目前较高层次的法律如《公司法》、《证券法》还没有对关联交易进行规范，致使对于程序上公正、实质上不公正的不公平关联交易不能从法律上确认其无效性。当控股股东从上市公司转移利润，掏空上市公司时，中小股东不能越位代表上市公司直接对控股股东提起诉讼，而上市公司作为控股股东的内部人也不能提起诉讼，由此导致不公平关联交易的合法存在。同时，我国法规对不公平关联交易的处罚力度不够。不公平关联交易屡禁不止的一个主要原因就是违规者因此付出的代价远低于其冒险可能获取的收益。目前对违规上市公司及有关人员的责任追究，除了少数适用刑法外，大多还是采取行政处罚措施，缺乏刑事责任、行政责任和民事责任的有机结合。违规处罚力度不够，对处于弱势地位的广大中小股东没有相应的法律救济措施，缺乏禁止性规定，是我国上市公司不公平关联交易泛滥的一个重要原因。
三、信息披露不完善
我国上市公司对于发生的重大关联交易都要求对外披露，以便投资者或潜在投资者了解关联交易的实质。上市公司基于竞争的目的，需要限制有关关联交易活动方面的信息传布，而宁愿隐瞒关联交易信息。对于一般关联交易信息披露意愿仅仅出自于主观愿望。在我国《关联方交易》具体准则虽然对关联方交易的信息披露进行了规范，但在关联交易的定价公平性方面并没有制定出合理的指导原则。更有相当一部分上市公司不及时披露、不全面披露甚至是虚假披露来隐瞒非公平的关联交易。
关联交易是客观存在并且难以避免的，并且具有隐蔽性。不公平关联交易目前在我国上市公司普遍存在，对我国证券市场以及公司股东利益有很大危害。但同样，关联交易在市场经济中，可以节约交易成本，从而提高交易效率。因此，应在合理法律规制下，使关联交易能够扬长避短，发挥其应有的作用。