股权转让的价格认定，既可以以股权的真实价值为依据，也可以由当事人的真实意思表示为依据。不论是股东自愿转让股权还是由法院强制股东转让股权，对转让价格的确定都是股权转让中一个十分重要的方面。股东和受让方间对确定股权转让价格的方法常常不科学，并不能接近股权的价值和市场价格。确定股权转让价格的方法不同，将直接影响股权转让价格，从而影响公司、股东和受让方的利益。
股权转让价格的依据
股权转让价格的认定不能一概而论，应从以下几方面事实作为依据：
一是以股权的真实价值为依据。股权的真实价值，即股权所对应的公司资产的价值。一般情况下，有限责任公司全部股权的价值应等同于公司整体资产的价值，而公司的资产从某种意义上而言，实际是由公司的全部股权所构成。故股权转让实质上是对公司资产的转让，按照等价的交易原则，其转让价格应等同于被转让股权所对应的公司资产的价值，这是确定股权转让价格最常用的依据。需要注意的是，由于股权具有财产权和社员权的双重属性，故股权中所包含的某些权利如分红权、资产分配权等，虽然与股东的经济利益有一定关系，但其权利的基础是股东的成员身份，故其权利价值无法以货币方式来衡量，在各方当事人没有相应约定的情况下，上述权利不应计入股权转让的价值范围。
二是以当事人的真实意思表示为依据。在某些情况下，股权转让的价格可能与其真实价值不符，由于各种各样的原因，股权转让的当事人可能脱离股权的真实价值而另行确定股权的转让价格。根据自愿平等的合同原则，当事人自行确定转让价格是其享有的民事权利，故在没有无效和可撤销事由的情况下，即使转让各方当事人约定的股权转让价格与股权真实价值不符，只要此种约定是其真实意思表示，亦可以作为认定股权转让价格的依据。
三是以工商登记材料的记载为依据。工商登记作为企业内部状况对外公示的主要手段，其法律效力应得到足够的尊重，工商登记材料中所记载的股东持股状况、出资数额和股权价值是公司债权人向公司和股东主张权利的重要依据，也是股东承担相应民事责任的原因之一。考虑到受让股权后，新股东可能会产生对外承担相应民事责任的风险，而此类风险的大小则基本按照工商登记材料的记载予以确定。因此，从保护债权人权益的角度出发，工商登记材料中所记载的股权转让价格，也应当成为重要依据。
四是以合法有效的合同为依据。在审判实践中，还可能发生当事人签订的多份股权转让合同中，有某些合同应属无效的情况。此时即使无效合同系当事人的真实意思表示，亦不能以此作为认定股权转让价格的依据，否则即有鼓励和纵容当事人违法的嫌疑。在此情况下，应当在考虑有效合同是否反映了股权的真实价值，是否亦系当事人真实意思表示的基础上，以合法有效的合同作为确认股权转让价格的依据。当然，如有效合同确实无法作为确认股权转让价格的依据，则应当按照实际情况，由法院启动评估程序确定股权转让价格。
股权转让价格确定的方法
一为采用综合评估确定股权转让的基准价格。实践中股东自愿转让股权是股权转让的最为普遍的形式，法院运用国家强制力强制股东转让股权是股权转让中的一种特殊形式，两者在股权转让前先确定基准价格上是相一致的。转让双方首先应对公司的资产、负债情况进行评估，确定转让基准价格，在此基础上协商确定转让价格。法院在强制股东转让股权时，应通过审计、评估确定转让的基准价格。股权转让基准价格即股权转让参考价格，可以是公司的净资产额。在采用了前述的一种或几种甚至其他更多的计算方法后，有的当事人还会结合公司不良资产率、国家产业政策等因素确定转让价格，这样得出的转让价格比较接近股权的实际价值。
二为引入市场机制转让股权。转让基准价格确定后，根据意思自治原则，对转让双方经协商确定的转让价格，只要未损害国家和第三人的合法权益，是受法律保护的。在股权的转让中，还可以通过拍卖、变卖的方式转让股权，拍卖、变卖价格就是转让价格。拍卖和变卖引入了市场竞争机制，相对其他四种方法，更能体现股权的市场价格，是一种比较科学的方法。在股权的强制转让中，应参考股权转让基准价格确定拍卖的保留底价，通过公开拍卖的方式转让股权。
上述两种方法，都有其可取之处，也存在不足。由于，公司的生产经营活动受经营者的决策及市场因素的影响较大，公司的资产状况处于一种动态变化之中，股东的出资与股权的实际价值往往存在较大差异，如对股东的股权未经作价以原出资额直接转让，这无疑混淆了股权与出资的概念；公司净资产额虽然反映了公司一定的财务状况，但由于其不体现公司资金的流转等公司运作的重要指数，也不能反映公司经营的实际情况；审计、评估能反映公司财产状况，也能对公司运作的大部分情况进行估算，却不能体现公司的不良资产率、公司发展前景等对股权价值有重要影响的因素；拍卖、变卖一般时间较紧，转让方和受让方常无法进行更多直接沟通。如不能很好理解和运用这几种方法，将造成股权的滥用，侵犯股东和公司的合法权益。