知识产权办理海关备案的程序，包括申请、审查、发证三部分。
一、申请
权利人向海关总署提出海关保护备案申请，应事先向海关领取备案申请书。权利人或其代理人应按照要求填写申请书，并随附有关文件，送交或寄送海关总署。权利人提出备案申请，应按照一项权利一份申请的原则提出，即每份申请书只能就一份权利证书上的知识产权提出申请。申请书应用中文填写，并保证交验的申请文件真实、有效。备案申请书中应按要求填写下列内容：
1、权利。登记注册文件上的中英文名称、所在国家地区、营业执照号、法定地址、法定代表人、联系人的姓名、联系电话、传真；代理人的名称、地址、执照号、法定代表人、联系人的姓名、联系电话、传真等。
2、注册商标的名称、注册号码、有效期限、核定使用的商品、专利的名称、授权的号码、简要内容、有效期限；著作权的有关内容。
3、与知识产权有关的货物的名称、商品编码。
4、被授权或者许可使用知识产权的人的名称、所在地、使用方式和许可有效期限。
5、与知识产权有关的货物的主要特征、商标图样及商品外观及包装的照片。
6、已知的侵权货物的制造商、进出口商品的名称、地址、侵权嫌疑货物名称、主要进出境海关等。
7、有关商业秘密的说明。
8、海关总署认为应当说明的其他情况。 权利人在提交申请时应当同时附送下列文件：
（1）知识产权权利人的身份证件的复印件，或者登记注册证书的副本，或者经登记注册机关认证的复制件；有代理人的提交权利人出具的授权委托书及代理人的登记注册证书复印件；
（2）注册商标的注册证书复印件，商标局核准转让注册商标的公告或者备案的商标使用许可合同复制件；或者专利证书的复印件，经专利局登记和公告的专利转让合同副本，专利实施许可合同副本；或者著作权权利的证明文件或者证据；
（3）海关总署认为需要附送的其他文件。 交验的文件为外文的，同时提交中文译本。
二、审查
海关总署收到全部申请文件后，对申请备案的知识产权进行审查，审查的内容，包括知识产权是否有效，是否受中国法律、法规保护，是否海关保护的范围，申请书填写是否符合要求，提交的随附文件是否齐备等。
三、发证
海关总署认为应在收到全部申请文件之日起，30日内通知权利人。凡是准予备案的，向权利人颁发《知识产权海关保护备案证书》。并发给缴纳备案费每件1000元的通知，通过银行转入海关总署的帐号。不准予备案的，应当说明理由。