依据《刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，我国未成年人起诉程序除了遵循普通刑事案件程序规定外，还有以下一些特殊规定，体现了对未成年人的特殊保护：
一、人民检察院办理未成年人刑事案件，应当依法保护涉案未成年人的名誉，尊重其人格尊严，不得公开或者传播涉案未成年人的姓名、住所、照片、图像及可能推断出该未成年人的资料。
二、人民检察院审查起诉未成年犯罪嫌疑人，应当听取其父母或者其他法定代理人、辩护人、未成年被害人及其法定代理人的意见。可以结合社会调查，通过学校、社区、家庭等有关组织和人员，了解未成年犯罪嫌疑人的成长经历、家庭环境、个性特点、社会活动等情况，为办案提供参考。
三、人民检察院办理未成年人刑事案件，可以应犯罪嫌疑人家属、被害人及其家属的要求，告知其审查逮捕、审查起诉的进展情况，并对有关情况予以说明和解释。
四、对于犯罪情节轻微，并具有下列情形之一，依照《刑法》规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的未成年犯罪嫌疑人，一般应当依法作出不起诉决定：被胁迫参与犯罪的；犯罪预备、中止的；在共同犯罪中起次要或者辅助作用的；是又聋又哑的人或者盲人的；因防卫过当或者紧急避险过当构成犯罪的；有自首或者重大立功表现的；其他依照《刑法》规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的情形。
五、对于未成年人实施的轻伤害案件、初次犯罪、过失犯罪、犯罪未遂的案件以及被诱骗或者被教唆实施的犯罪案件等，情节轻微，犯罪嫌疑人确有悔罪表现，当事人双方自愿就民事赔偿达成协议并切实履行，符合《刑法》第37条规定的，人民检察院可以依照《刑事诉讼法》第173条第2款规定作出不起诉的决定，并可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉。
六、对于未成年人涉嫌《刑法》分则第四章、第五章、第六章规定的犯罪，可能判处1年有期徒刑以下刑罚，符合起诉条件，但有悔罪表现的，人民检察院可以作出附条件不起诉的决定。人民检察院在作出附条件不起诉的决定以前，应当听取公安机关、被害人的意见。但未成年犯罪嫌疑人及其法定代理人对人民检察院决定附条件不起诉有异议的，人民检察院应当作出起诉的决定。
在附条件不起诉的考验期内，由人民检察院对被附条件不起诉的犯罪嫌疑人进行监督考察。犯罪嫌疑人的监护人，应当对犯罪嫌疑人加强管教，配合人民检察院做好监督考察丁作。
附条件不起诉的考验期为6个月以上1年以下，从人民检察院作出附条件不起诉的决定之日起计算。被附条件不起诉的犯罪嫌疑人，应当遵守下列规定：遵守法律、行政法规，服从监督；按照考察机关的规定报告自己的活动情况；离开所居住的市、县或者迁居，应当报经考察机关批准；按照考察机关的要求接受矫治和教育。人民检察院可以要求被附条件不起诉的未成年犯罪嫌疑人接受下列矫治和教育：完成戒瘾治疗、心理辅导或者其他适当的处遇措施；向社区或者公益团体提供公益劳动；不得进入特定场所，与特定的人员会见或者通信，从事特定的活动；向被害人赔偿损失、赔礼道歉等；接受相关教育；遵守其他保护被害人安全以及预防再犯的禁止性规定。被附条件不起诉的犯罪嫌疑人，在考验期内发现有下列情形之一的，人民检察院应当撤销附条件不起诉的决定，提起公诉：实施新的犯罪或者发现决定附条件不起诉以前还有其他罪需要追诉的；违反治安管理规定或者考察机关有关附条件不起诉的监督管理规定，情节严重的。
被附条件不起诉的犯罪嫌疑人，在考验期内没有上述情形，考验期满的，人民检察院应当作出不起诉的决定。 这里的“附条件不起诉”，又称为暂缓起诉、缓予起诉、暂缓不起诉等，是指检察机关在审查起诉时，根据犯罪嫌疑人的年龄、性格、情况、犯罪性质和情节、犯罪原因以及犯罪后的悔过表现等，对较轻罪行的犯罪嫌疑人设定一定的条件，如果在法定的期限内，犯罪嫌疑人履行了相关的义务，检察机关就应作出不起诉的决定。附条件不起诉是以起诉便宜主义为基础的，体现了检察机关的自由裁量权，属于不起诉的一种形式。未成年人附条件不起诉有助于未成年犯罪嫌疑人的人格矫正，促使其尽快、顺利地回归社会，有助于维护家庭和睦与社会稳定，同时也符合诉讼经济、程序分流的目的。
七、人民检察院审查未成年人与成年人共同犯罪案件，一般应当将未成年人与成年人分案起诉：但是具有下列情形之一的，可以不分案起诉：第一，未成年人系犯罪集团的组织者或者其他共同犯罪中的主犯的；第二，案件重大、疑难、复杂，分案起诉可能妨碍案件审理的；第三，涉及刑事附带民事诉讼，分案起诉妨碍附带民事诉讼部分审理的；第四，具有其他不宜分案起诉情形的。
对于分案起诉的未成年人与成年人共同犯罪案件，一般应当同时移送人民法院。对于需要补充侦查的，如果补充侦查事项不涉及未成年犯罪嫌疑人所参与的犯罪事实，不影响对术成年犯罪嫌疑人提起公诉的，应当对未成年犯罪嫌疑人先予提起公诉。对于分案起诉的未成年人与成年人共同犯罪案件，在审查起诉过程中可以根据全案情况制作一个审结报告，起诉书以及出庭预案等应当分别制作。对未成年人与成年人共同犯罪案件分别提起公诉后，在诉讼过程中出现不宜分案起诉情形的，可以及时建议人民法院并案审理。