一、法律性质不同
《劳动合同法》第二十三条规定：“用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。”这些约定体现了用人单位对商业秘密尤其是知识产权的保护的重视，而不意味着保密义务是约定性义务，即使用人单位并没有与劳动者签订保密协议，劳动者在合理的期限内仍要承担保密的义务。
竞业限制从本质而言是对劳动者自由择业权利的限制，意味着劳动者将不能凭借其熟悉的技能去获取较好的待遇，由此可能导致经济上的损失。
因此，用人单位应当对劳动者的这种经济损失承担一定的责任，表现在法律上就是需要支付竞业限制经济补偿金。竞业限制协议必须在平等自愿的基础上约定竞业限制的范围、地域、期限，并按照约定支付相应的补偿金。竞业限制义务是一种约定的义务，而非法定的义务。
二、适用的范围不同
保密义务适用的是所有知道用人单位商业秘密和知识产权的人员，无论这些人员是用人单位的高级管理人员还是普通的员工，也无论单位是否明确与其签订保密协议。
但是一般掌握用人单位商业秘密以及知识产权内容的是用人单位的高级管理人员、高级技术人员，他们在离开原任职单位后，很可能到与其以前相同或者近似的单位从事相同或者近似的职业，从而难以避免的会使用原用人单位的商业秘密或者知识产权，导致原用人单位的损失。
为了限制劳动者的这种自由择业权利，用人单位就必须支付一定的代价，即通过对高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员支付竞业限制经济补偿金来促使劳动者履行保密义务。
三、是否需要支付费用不同
保密义务是法定的义务，保密的前提条件是用人单位的信息被认定为商业秘密或者被授予相应的知识产权，因此，支付保密费并不是履行保密义务的前提条件。保密费是否支付，以及支付多少，均由用人单位与劳动者进行约定。
而竞业限制是一种约定的义务，根据权利义务对等的原则，用人单位若想限制劳动者的择业权利，就必须按照约定支付相应的经济补偿金。如果用人单位拒绝支付竞业限制补偿金，劳动者可以据此拒绝履行竞业限制义务，但劳动者并不能以此免除保密的义务。
四、期限不同
劳动者离职之后的保密义务是劳动合同的附随义务。但是离职后仍负有保密义务的期限，法律没有明确规定，但是，一般认为，劳动者从用人单位离职后的合理期限之内，都应严格保守所知悉的用人单位的商业秘密和知识产权，直到这些信息在本行业中为公众所知悉为止，或者在知识产权进入公知领域为止。
劳动合同法明确规定，在解除或者终止劳动合同后，负有保密义务的人员到与原任职单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。这是法律对竞业限制期限的明确规定，如果竞业限制协议超过这个期限，超过部分无效。
五、能否约定违约金不同
我国劳动合同法明确规定了可以约定违约金的两种情形：竞业限制和服务期。因此，用人单位可以在竞业限制协议中约定违约金，至于违约金的多少，法律并无明确规定。如果劳动者违反保密协议，用人单位只能主张损害赔偿而不能要求支付违约金。