用人单位制定的直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，其法律后果是：这样的规章制度不对劳动者产生拘束力，劳动者可以不予遵守；同时，劳动者一经发现用人单位制定的规章制度违反法律、法规规定的，要向当地的劳动行政部门进行投诉，由劳动行政部门对用人单位予以责令改正，并给予警告的行政处罚。此外，如果违法的规章制度对劳动者造成损害的，用人单位应当承担赔偿责任。
（一）关于责令改正
劳动行政部门对用人单位予以责令改正，这里“责令改正”并不是一种行政处罚，因为1996年10月1日起施行的行政处罚法在关于行政处罚的种类的规定中，只规定了警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照、行政拘留这六种行政处罚的种类，并没有将“责令改正”也列入行政处罚的种类当中。在制定行政处罚法的过程当中，关于“责令改正”是有如下考虑的：我国现行的法律、法规中，在行政处罚的手段上都有这样的规定，责令改正违法行为，或者规定责令限期消除违法行为的后果等。考虑到对任何一种违法行为，均应当予以改正，责令改正不应当是一种处罚，而是实施每一种行政处罚的一个前置条件，一个必经过程，即实施每一种行政处罚之前，都应当首先责令当事人改正违法行为，消除违法行为后果，然后才是实施行政处罚，因为实施行政处罚的目的决不是为罚而罚，而是为了维护公共利益和社会秩序，保护公民、法人或者其他组织的合法权益，纠正违法行为，教育公民、法人自觉守法。为此，行政处罚法第二十三条明确规定：“行政机关实施行政处罚，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为”。
用人单位制定的规章制度违反法律、法规规定的，劳动行政部门首先要责令该用人单位改正违法行为，即对违法的规章制度进行纠正，使之符合法律、法规的规定，成为有效的规章制度。例如，用人单位规定的劳动者适用期的期限超过了法律规定的最高时限，则必须予以改正，缩短到法律规定的幅度内，使之成为有效的规章制度。
（二）关于警告的行政处罚
警告在学理上称为申诫罚，有告诫的意思，就是当公民、法人或者其他组织有违反社会秩序的行为时，行政机关可以责令其立即改正违法行为，告诫其应当遵守法律、法规的有关规定，不能违法。警告是六种处罚中相对比较轻的一种处罚，所以行政处罚法对其设定权的规定比较宽松：法律、法规、规章都可以设定警告的处罚，并且行政机关适用简易程序即可当场作出处罚决定，不必经过调查、收集证据等一般程序。
对于用人单位制定的直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，劳动行政部门除了责令用人单位改正违法行为外，还要给予用人单位警告的行政处罚，使用人单位能够对自己的违法行为有所警醒，记住这次违法的教训，避免下次再出现违法行为。
（三）关于民事赔偿责任
如果用人单位制定的规章制度给劳动者造成损失，用人单位还要承担民事赔偿责任。例如，用人单位制定的劳动安全卫生方面的规章制度不符合劳动法和职业病防治法的规定，如按照职业病防治法第十九条规定，用人单位应当建立、健全职业卫生管理制度和操作规程，但用人单位在其规章制度中没有规定这样的内容，因此给劳动者造成损失的，包括人身伤害和财产损失的，要给予劳动者赔偿。这里要提到的是，劳动者除了要求用人单位给予物质赔偿以外，还可以要求获得精神损害赔偿。
所谓精神损害赔偿，是指公民因其人身权利受到不法侵害而遭受精神痛苦或精神利益受到损害，要求侵权人进行金钱赔偿的一种法律制度。精神损害赔偿的条件，根据最高人民法院2001年3月8日发布的《关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》的规定，在下列几种情况下可以请求精神损害赔偿：第一，自然人因人格权利（包括生命权、健康权、身体权；姓名权、肖像权、名誉权、荣誉权；人格尊严、人身自由权）遭受非法侵害时，有权向法院起诉请求赔偿精神损害。第二，违反社会公共利益、社会公德、侵害他人隐私或者其他人格利益，受害人有权以侵权为由向法院起诉请求赔偿精神损害。第三，非法使被监护人脱离监护，导致亲子关系或近亲属间的亲属关系遭受严重损害的，监护人有权起诉请求精神损害赔偿。第四，自然人死亡后，其近亲属因为一些侵权行为遭受精神痛苦的，有权向法院起诉请求赔偿精神损害。
实践中，有的用人单位通过制定非法的规章制度，限制劳动者的人身自由，以暴力手段强迫工人劳动；有的用人单位为了防止职工偷拿本单位财物，而规定单位保安人员可以在每天下班时，对职工进行搜身检查；还有的用人单位通过规章制度规定职工每天上厕所的次数，及每次上厕所的时间等，都是侵犯了劳动者的人格权利，包括身体权、健康权、人格尊严等，对这样的侵权行为，劳动者可以依法要求用人单位给予精神损害赔偿。
当事人承担精神损害赔偿责任的方式有：致人精神损害，未造成严重后果的，可判令侵权人停止侵害、恢复名誉、消除影响、赔礼道歉；造成严重后果的，应根据受害人一方的请求同时判令侵权人赔偿相应的精神损害抚慰金。精神损害赔偿应起到三个作用：一是对受害人的抚慰，二是对加害人的制裁，三是对社会的一般的警示。只有符合这三点要求，这样的赔偿数额就是合适的，而不在于究竟是多是少。