一、证明责任的分配不同
刑事诉讼中，证明犯罪的有无及轻重的责任由审判机关、检察机关、侦查机关承担，犯罪嫌疑人、被告人不承担证明自己无罪的责任；行政诉讼中的证明责任由作为被告的行政机关承担，原告不承担证明具体行政行为违法的责任；民事诉讼中的证明责任根据当事人的主张，分别由当事人承担相应的证明责任。
二、证据的种类有所不同
书证、物证、视听资料、鉴定结论、勘验笔录、证人证言等，是三大诉讼共同的证据种类。被害人陈述、犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解（在民事诉讼和行政诉讼中被统称为“当事人陈述”）是刑事诉讼特有的证据种类；现场笔录是行政诉讼特有的证据种类。
三、证明标准的法律规定不尽相同
我国《刑事诉讼法》规定的是“案件事实清楚，证据确实、充分”，要排除合理怀疑。《民事诉讼法》规定“事实清楚”，一般要遵循证据概率原则。《行政诉讼法》规定的是“证据确凿”。一般证据采用合理确信，关键证据采用排除合理怀疑原则。
四、证明对象不同
刑事诉讼的证明对象主要是有关犯罪行为构成要件和量刑情节的事实；民事诉讼的证明对象主要是民事纠纷产生和发展的事实和民事法律关系构成要素的事实；行政诉讼的证明对象主要是与被诉具体行政行为合法性有关的事实。
五、证明的程序规则不同
由于证明程序是诉讼程序的一个组成部分，所以，三大诉讼程序的不同决定了相应的证明程序也不同。刑事诉讼特有的证明程序是侦查和审查起诉；民事诉讼特有的证明程序规则体现在处分原则和辩论原则之中；行政诉讼特有的证明程序规则是被告在诉讼过程中不得自行向原告和证人调查收集证据。
六、举证责任的不同
（1）民事诉讼
适用“谁主张，谁举证”的举证原则。在诉讼中，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。这是对一般举证责任的规定，即谁主张谁举证。但在特定的案由中，法律规定由被告负责举证，这种将举证责任指向被告的规定称为举证责任倒置。
（2）行政诉讼
由作为被告的行政主体负举证责任是行政诉讼所特有的一项原则。《中华人民共和国行政诉讼法》第三十二条规定：“被告对作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。”《关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第二十七条规定：“原告对下列事项承担举证责任：（一）证明起诉符合法定条件，但被告认为原告起诉超过起诉期限的除外；（二）在起诉被告不作为的案件中，证明其提出申请的事实；（三）在一并提起的行政赔偿诉讼中，证明因被诉行为侵害而造成损害的事实；（四）其他应当由原告承担举证责任的事项。”
（3）刑事诉讼
公诉人（自诉人）对被告人所指控的犯罪事实负有举证责任，没有证据或证据不足一律按无罪处理，不可疑罪从轻。被告人对自已无罪或罪轻负有举证责任。