对于有违法情形的行政许可应当予以撤销，是行政许可监督检查的一项重要原则。但是，针对行政许可的实施和监督中情况十分复杂的实际，在撤销违法行政许可的同时，还应当慎重和妥善处理以下两个方面的情况：
第一、对撤销的行政许可，行政机关根据被许可人的申请，可以重新作出准予行政许可的决定。撤销对被许可人的行政许可，不是一种永久性处罚，在撤销行政许可后，被许可人仍然有权利就同一行政许可事项再向行政机关提出许可申请，行政机关对被许可人的申请，经审查，可以重新作出准予行政许可或者不予行政许可的决定。符合条件的，即应当予以许可，不符合条件的则不予许可。行政机关重新审查申请人的行政许可申请和作出是否准予申请人行政许可决定的程序，仍然依照本法实施行政许可的程序的有关规定进行。但是，本法第七十九条规定：“被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，行政机关应当给予行政处罚；直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全事项的，申请人在三年内不得再申请该行政许可”。据此，被许可人如果有该条规定的情形，则在三年内不得再提起行政许可的申请。
第二、行政机关依照本条第一款的规定撤销行政许可，被许可人的合法权益受到损害的，行政机关应当依法给予赔偿。但是，被许可人取得行政许可，有本条第二款规定情形的，其基于行政许可取得的利益不受保护。行政许可实施过程的违法情形，除属于被许可人的违法以外，其他的情形如超越法定权限作出行政许可决定的情形，行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出行政许可决定的情形，违反法定程序的情形等，实际都是行政机关及其工作人员的违法情形。行政机关及其工作人员违法作出的行政许可决定，属于违法的行政许可决定，应当予以撤销。但是，行政许可的撤销带来的直接后果就是影响被被许可人的合法权益，而由行政机关及其工作人员违法行为给被许可人合法权益造成的损害，由被许可人承担，是不公平的，有悖于行政权力属于人民并服务于人民的基本原则。按照上述行政法学上的信赖保护原则，由于行政机关的过错而对被许可人造成损失的，行政机关应当给予赔偿。
行政机关由于自己的违法行为而导致行政许可无效并应予撤销，给被许可人带来的损失，应当由行政机关依法给予赔偿，即实行国家赔偿。本法第七条规定，公民、法人或者其他组织的合法权益因行政机关违法实施行政许可受到损害的，有权依法要求赔偿。本条规定的国家赔偿就是这一内容的具体化。行政机关对被许可人的赔偿责任与对被许可人的补偿责任有区别。根据本法第八条的规定，所谓补偿责任是指行政许可决定所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者颁发许可证的情况发生了重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关依法变更或者撤回已经生效的行政许可决定，而给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。总之，补偿是适用于行政许可行为合法而因情势变化和公共利益需要，所应当撤回或者变更的情形。而赔偿责任是指行政机关及其工作人员违法实施的行政许可应予撤销而给公民、法人或者组织带来的损失，应当由行政机关承担责任，它的一个重要特点是，行政机关的行政许可行为是违法而应予撤销的。
本条规定的行政机关对违法实施行政许可的赔偿责任，其构成要求包括：（1）侵权行为主体是行政机关及其工作人员，这里的“行政机关”所指的是本法第三章所规定的所有有权依法实施行政许可的行政机关或者其他组织。（2）行政机关实施行政许可的行为存在违法的因素，如超越法定权限、违反法定程序等。（3）行政机关撤销违法的行政许可给被许可人造成了实际损害，这种损害应当是实际的、已经发生的、可以计算的。（4）行政机关违法实施行政许可的行为与被许可人受到的损害结果之间有因果关系，即被许可人的损害是由行政机关的违法行为造成的。被许可人由于行政机关违法实施行政许可导致该行政许可撤销进而带来的损害的赔偿，按照国家赔偿法、行政诉讼法、行政复议法等法律的规定取得。