一、建设工程合同无效对工程价款结算的影响
“司法解释”第二条确定了建设工程合同无效对工程款实行折价补偿的基本原则，即“参照合同约定支付工程价款”，对该规定的正确理解应该是：
第一、该规定是“参照”而不是“按照”合同约定，所以，并没有承认合同关于工程价款约定的完全有效性以及对双方的法律约束力，更没有承认合同其他条款的有效性，所以整个合同仍然是无效的，并没有承认其有效性。更为重要的是，“参照合同约定支付工程价款”最准确的理解应该是相当于双方当事人对无效合同的折价标准达成的协议，所以仍然是适用折价补偿的基本处理原则，而不是承认合同约定的有效性对工程款进行结算。
第二、“参照合同约定支付工程价款”是赋予承包人的选择权，承包人也可以选择根据国家定额对工程据实结算工程款作为折价补偿。所以“参照合同约定支付工程价款”并不是唯一解决无效合同工程款的处理方式。
如果承包人选择请求根据国家定额对工程据实结算，法院是否支持，对此“司法解释”并没有明确，赋予法院自由裁量权，法院可根据工程实际造价和公平合理的基本原则进行裁量。因为工程据实结算可能出现工程结算款远远高于合同约定的价款，此时从维护社会基本诚信的角度看，法院不应该支持承包人的请求。
但是根据国家工程定额对工程进行鉴定，反映的是工程的实际价值，而且工程定额往往低于市场价格，所以根据工程定额结算的工程款更符合工程造价的实际，法院如果支持承包人根据定额结算工程的请求，也合法合理，因而在承包人请求根据国家定额结算工程款时，法院应该综合考虑各种因素，做出公平公正的判决。
第三，法院并没有主动参照合同约定对工程款认定的权利，根据“司法解释”的规定，只有在承包人请求“参照合同约定支付工程价款”的情况下，法院才能对此进行支持，并没有赋予法院可以直接参照合同约定对工程款进行认定，如果合同有效，法院有权根据合同约定对工程款进行认定，所以合同的根本性质仍然是无效的。
第四，发包人是否具有请求“参照合同约定支付工程价款”的权利，法院是否应该支持，对此问题，“司法解释”并没有做出明确规定，所以在司法实践中，应该存在不同的意见和做法。根据司法解释的本意来看，并没有赋予发包人请求“参照合同约定支付工程价款”的权利，所以只规定“承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”。
但是，根据法不禁止即自由的基本原则，发包人应该享有“参照合同约定支付工程价款”的权利，只是法院是否支持发包人的请求，要由法院行使自由裁量权来决定。
二、建设工程合同无效对工期索赔的影响
在合同无效的情况下，就不发生合同履行的法律效力，就不能根据合同约定来界定双方的责任，所以关于违约责任的约定也是无效的。
工程施工合同无效，合同中关于工期违约责任的约定也自然无效，所以就不能依照合同约定来承担工期违约责任。同时“司法解释”没有规定可以参照合同约定处理违约责任，所以也不能参照合同约定来认定工期违约责任。
工程施工合同无效，发包方与承包方对于工期延误造成对方的损失，仍应该进行赔偿。这是根据《合同法》规定的合同无效的第二个法律后果，即过错赔偿原则，要求当事人承担的赔偿责任。
根据当事人的过错对另一方的损失进行赔偿，根据谁主张谁举证的原则，任何一方要求工期延误的赔偿，要承担很重的举证责任，首先要举证延期的事实，其次还要举证自己的损失，第三还要举证对方存在过错。
而合同有效的情况下，对于发包方而言，只要举证延期事实的存在，就可以根据合同约定要求对方承担违约责任了，不需要举证自己存在损失，当然如果工期延误造成的损失大于违约金，发包人还有权主张违约金以外的损失赔偿。对于承包方来讲，只需要证明工期延误给自己造成的经济损失。所以，在合同有效的情况下，当事人双方进行工期索赔均不需要证明另一方存在过错，这就是合同无效对工期索赔的巨大影响。
三、建设工程合同无效对工程质量索赔的影响
在合同有效情形下，对于发包人向承包人提出的质量索赔，依据我国《合同法》第一百一十三条的规定，采用的是完全赔偿原则，违约方应赔偿非违约方的全部损失，包括预期利益损失。
但合同无效的情况下，承包人因自身原因导致工程质量不合格，根据《合同法》第五十八条规定无须承担违约责任，但仍需承担相应的过错赔偿责任，但承包人的过错责任赔偿范围法律未作出明确规定，“司法解释”第三条规定“（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持”，所以，发包人质量索赔的范围主要限于质量修复费用，其他损失不能索赔。
因此，不论合同是否有效，发包人均有权提出质量索赔，但质量索赔的范围与合同效力密切相关。若合同有效，发包人可以依照合同约定或《合同法》相关规定，索赔由此导致的各项直接损失，还包括预期利益损失。若合同无效，发包人索赔仅限于修复费用等直接损失。
四、建设工程合同无效，法院可以收缴承包人的非法所得
“司法解释”第四条规定：“承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效。人民法院可以根据民法通则第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得。”
第一，只有非法转包、违法分包和非法借用资质三种无效行为，才能适用民事制裁，对于其他建设工程无效合同，不适用民事制裁。
第二，民事制裁的主体对象为承包人、非法转包人和实际施工人，而且是其非法收入，至于非法收入范围的界定，司法解释并没有明确，需要法院根据实际情况进行认定。
第三，该民事制裁法院应该慎用，不能滥用。因为工程建设领域的利润本来就很低，而且工程款一部分为农民工的工资，如果法院收缴施工人的收入，不仅使施工人面临破产的境地，而且可能会造成农民工的工资无法发放，造成社会的不稳定因素。