行政机关法律地位的特殊性决定了人民法院对行政机关拒绝履行行政案件判决、裁定而采取的执行措施不同于对行政相对人采取的执行措施。《行政诉讼法》第65条第3款第(四)项对行政机关拒绝履行判决、裁定时第一审人民法院可以采取的有关措施作了专门的具体的规定，《若干解释》又作了补充规定。
1、对应当归还的罚款或者应当给付的赔偿金，通知银行从该行政机关的账户划拨。
划拨不仅适用对于行政相对人采取的强制执行措施，也适用于对行政机关采取的强制执行措施。当作为被执行人的行政机关对行政相对人应当归还的罚款不归还，应当给付的赔偿金不给付时，人民法院可以以协助执行书的形式通知有关银行，采取划拨的办法，把应付而未付的款项从行政机关的账户转入申请执行人的账户上去。根据法律法规的规定，行政罚款应上交国库，但在行政诉讼过程中，行政相对人已交付的罚款往往被截留或暂存在行政机关账户内；行政赔偿费用，由各级财政列支。因此从行政机关账户中划拨应当归还的罚款和应给付的赔偿金的款项不属于维持行政机关正常管理活动所需要的行政经费，对这两项款项直接划拨不会导致行政管理活动的中断或者削弱。
2、在规定期限内不履行的，从期满之日起，对该行政机关按日处50元至100元的罚款。
如果行政机关仍不履行义务，罚款就要继续下去，直到行政机关履行义务为止。对罚款数累计最高限额，《行政诉讼法》未作具体规定，一般应以基本上不影响行政机关正常管理活动需要为限。受罚款处罚的行政机关拒绝交付罚款的，人民法院可以通知从该行政机关账户内划拨。
3、向该行政机关的上一级行政机关或者监察、人事机关提出司法建议。接受司法建议的机关，根据有关规定进行处理，并将处理情况告知人民法院。上一级国家行政机关(既可指某一行政部门所属的政府，也可指上一级主管部门)和监察、人事机关负有监督下级或同级行政机关执行和遵守国家法律法规的责任。行政机关拒绝履行已发生法律效力的行政案件判决、裁定的行为是违法行为，人民法院可以采取向对行政机关负有监督责任的国家机关发出具有通报性、司法性的建议，希望其给予拒绝履行判决、裁定的主管人员和直接责任人员批评教育、警告、记过等行政处分，促使负有履行义务的行政机关履行判决、裁定的执行措施。人民法院发出这一类司法建议，原则上应由院长批准。接受司法建议的机关，应根据其职责、权限对拒不履行法定义务的行政机关的主管人员和直接责任人员进行处理，并将处理结果和有关情况告知提出司法建议的人民法院。
4、拒不履行判决、裁定，情节严重构成犯罪的，依法追究主管人员和直接责任人员的刑事责任。所谓刑事责任，是指依照刑事法律的规定，行为人实施了刑事法律禁止的行为所必须承担的法律后果，我国《刑法》第157条对此作了明确规定。作为行政机关的主管人员和直接责任人员，对行政机关拒不履行行政案件判决、裁定所造成的严重后果负有直接的责任；情节严重构成犯罪的，应受到刑事制裁；负责执行的人民法院将有关犯罪事实材料移转到同级人民检察院，依法追究该行政机关的主管人员和直接责任人员的刑事责任。应该说“追究刑事责任”已超出强制措施的范围，因为追究刑事责任并不能直接实现人民法院已生效的判决、裁定，但它能对拒不执行人民法院生效裁判的人员起到一种有效的威慑作用。
5、对主要负责人或者直接责任人员予以罚款处罚。
对行政机关拒绝履行判决，裁定的情况，《行政诉讼法》并没提供有力手段，因此，《若干解释》规定，行政机关拒绝履行人民法院生效判决、裁定的，人民法院可以依照《行政诉讼法》第65条第3款的规定处理，并可以参照《民事诉讼法》第102条的有关规定，对主要负责人或者直接责任人员予以罚款处罚。
根据《若干解释》第96条的规定，行政机关拒绝履行人民法院生效裁判的，人民法院可以对行政机关的主要负责人或者直接责任人予以罚款。罚款的金额应当参照《民事诉讼法》第104条的规定执行，即对个人的罚款金额为人民币1000元以下。当然，具体罚款对象和金额应根据具体情节来确定。