一、医疗事故罪与医疗事故相近事故的界限
(一)医疗事故罪与一般医疗事故的区分
一般医疗事故指的是医务人员虽然有不负责任的行为，也造成了一定的危害结果，但是还没有达到刑法所规定的造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体的行为。该种医疗事故就不能被作为犯罪处理，对此的责任程度只是民事赔偿或医院内部的处分。同时，如果医疗人员有严重不负责任的情形，同时也有就诊人死亡或严重身体损害的结果，但是如果“严重不负责任”与死亡或损害结果间没有直接因果关系的也不能作为医疗事故罪处理。例如虽然医生有用错药的行为，但是就诊人死亡的结果是因为其病情太重，医学治疗已经不能阻止其死亡的发生的，该种情况就不能以医疗事故罪处理。
(二)医疗事故罪与医疗技术事故的界限
医疗技术事故是指在诊疗护理工作中，因医务工作者的技术过失，造成病员死亡、残废或功能障碍的事故。在医疗技术事故中，由于医务人员在诊疗护理过程中已尽其责，没有违反工作制度和技术规程，只是由于在现有医学科学技术条件下，设备或医务技术水平的限制发生了无法预料或者不能防范的不良后果。由于行为人不具备构成医疗事故罪的主客观要件，因而医疗技术事故不能作为有罪处理。
(三)医疗事故罪与医疗意外的界限
医疗意外是指由于医务人员不能预见或不可抗拒的原因导致就诊人死亡或严重损害结果的发生的，一般是指在医疗活动中由于患者病情异常或者患者体质特殊而发生的难以预料和防范的不良后果。在医疗意外中，由于医务人员没有主观罪过，故不属犯罪。这种情形刑法理论称“意外事件”或“不可抗力事件”。同时对于就诊人或其家属不配合治疗所产生的事故后果也不应归结为医疗事故罪范畴。
二、医疗事故罪与非法行医罪的界限
非法行医罪，是指没有医生执业资格的人非法行医，情节严重的行为。即非法从事诊断、治疗、医务护理工作，是一种典型的职业犯，包括行为人反复非法行医的行为，不管非法行医的时间多长也只认定为非法行医一个罪。 两罪都违反了相似的法律、行政法规，都侵害了国家正常的医疗秩序。医疗事故罪与非法行医罪都属于危害公共卫生方面的犯罪，二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
(一)主体不同
前者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员，后者的主体是不具有医生执业资格的人。
(二)客观方面不同
前者在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为，后者在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。
(三)主观方面不同
前者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失，后者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意，但对于违反医疗管理制度的行为，则是直接故意。
三、医疗事故罪与玩忽职守罪的界限
玩忽职守罪，是指国家机关工作人员严重不负责任，不履行或不正确履行职责，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为，它与医疗事故罪都表现为严重不负责任，都可能出现造成人员伤亡的严重后果。
二者的区别如下：
(一)主体不同。前罪的主体是国家机关工作人员，本罪的主体则是医务人员;
(二)客体不同。前罪侵害的客体是国家机关的正常管理活动，而本罪侵害的主要客体是医疗机构的管理秩序;
(三)过失的内容不同。前罪是在行政管理过程中出现的过失，而本罪则是在诊疗护理工作中出现的过失;
(四)客观表现不同。前罪表现为在行政管理工作中严重不负责任，不履行或不正确履行自己的职责，而本罪则表现为在诊疗护理工作中违反规章制度或诊疗操作常规;
(五)危害后果不同。本罪的危害后果仅限于就诊人死亡或身体健康严重受损，而前罪的后果既可以是人员伤亡，也可以是财产损失，还可以是恶劣的政治影响。