国家根据公务员职位类别设置公务员职务序列。
所谓职务序列，包括职务的层次和职务的级别。对公务员管理来说，基本的分类方法有两个：一是职位分类，即把各种不同的职位，按照内容和性质的特点，并同区异，分为若干种类；二是分等，即根据职位的工作繁简难易，责任轻重大小，所需资格高低等因素，把所有职位分为若干高低不同的等级。这种横向的职位划分与纵向的等级划分结合起来，就构成了一个具有相对稳定性的人事分类框架或者一个明确的坐标，每一个职位、职务都可以在其中找到自己的位置。因此，对公务员管理，要在职位分类的基础上，再设置一定的等级，使公务员职务形成一个高低有致的序列。
1993年国务院制定的《国家公务员暂行条例》第八条规定：“国家行政机关根据职位分类，设置国家公务员的职务和等级序列。”但由于暂行条例未具体规定不同的职位类别，因此，当时国家行政机关公务员的职务序列基本上是统一的，即十二个职务层次对应十五个级别。这种职务序列难以满足不同职位公务员的需求，造成专业技术职位的人员、机构规格低的人员职务的晋升空间过于狭窄，相应地待遇也难以得到提高。根据本法的规定，公务员职位划分为综合管理类、专业技术类和行政执法类等不同的职位类别后，相应地对于不同的职位类别可以有针对性地设置不同的职务序列。
第一部分 领导职务和非领导职务
公务员职务分为领导职务和非领导职务。领导职务层次分为：国家级正职、国家级副职、省部级正职、省部级副职、厅局级正职、厅局级副职、县处级正职、县处级副职、乡科级正职、乡科级副职、科员。
非领导职务层次在厅局级以下设置。
一、领导职务与非领导职务
1993年国家公务员暂行条例根据公务员是否承担领导职责的标准，将公务员分为领导职务与非领导职务。领导职务是指机关中具有组织、管理、决策、指挥职能的职务。非领导职务是指不具有领导职责的职务。设置非领导职务，主要是基于两个考虑：一是当时的司、处、科级领导职数较多，为了减少领导职数，因此设置一定限额的非领导职务。二是为了解决“独木桥”的难题。因领导职数有限，可以解决部分没有承担领导职务的公务员的待遇；特别是因取消公务员评职称后，设置非领导职务可以解决专业技术人员的待遇问题。
十多年来的实践表明，非领导职务设置解决了公务员管理的一些问题，但也带来了一些管理上的难题。第一，根据国务院《国家公务员非领导职务设置办法》的规定，“非领导职务根据工作需要设置，是实职，但不具有行政领导职责。”但现实中往往不是根据工作需要，主要是为解决待遇而任命。第二，根据《国家公务员非领导职务设置办法》的规定，各级非领导职务的设置，要依据领导职务的设置情况确定适当比例限额。相同规格的机构，领导职务职数是一定的。但现实中相同规格、不同部门的人数存在巨大差距，用“一刀切”的办法确定领导职务职数与非领导职务职数，使一些基层部门的非领导职务职数与其他部门相比出现巨大差距。非领导职务设置不平衡，难以适应队伍基数比较大的行政机关的管理需要。这种情况在公安等执法机关尤为突出。第三，设置非领导职务的初衷，是为了精兵简政、提高效率、理顺关系。但领导职务与非领导职务的区分，实际上在公务员队伍内设置了“两个跑道”。领导职务系列的吸引力依然大于非领导职务的吸引力，人们还是往领导职务系列中去挤，还是一种“官本位”的制度设计思路。在任何机关中，行政领导的毕竟是少数。以行政领导职务系列作为所有公务员的职业发展阶梯，不符合不同人才的成长规律。最终结果是，难以稳定队伍、吸引人才。
由于存在上述问题，在立法过程中，如何处理非领导职务，存在两种意见：一种意见主张，取消非领导职务，将职务与级别完全分离。将公务员分为两大类：一类是承担领导职务的公务员，其待遇只按职务层次来确定；另一类是不承担领导职务的公务员，其待遇只按照级别来确定。第二种意见主张，每一个公务员都有职务，公务员可以分为领导职务与非领导职务，但非领导职务根据职位类别特点来设置。根据职位的类别特点和各类人才的成长规律，设置相应的职务层次与职务名称。实施这种方案的关键是，科学划分职位类别。
由于本法将公务员职位划分为综合管理类、专业技术类和行政执法类，在职位分类的基础上，本法对公务员的职务依然保留了非领导职务的设置。这主要是考虑到，在机关中，有些职位在本机关不负领导责任，但职位本身又很重要，特别是有些职位在其分管的业务方面对其管理对象有较大的检查、监督、管理权，根据需要，设置一些与领导职务相对应的非领导职务是必要的。
二、职务层次
1．领导职务层次的设置。根据本法的规定，领导职务层次分为：国家级正职、国家级副职、省部级正职、省部级副职、厅局级正职、厅局级副职、县处级正职、县处级副职、乡科级正职、乡科级副职。
2．非领导职务层次的设置。职务层次是根据工作繁简难易，责任轻重大小，所需资格高低设置的。由于非领导职务不承担领导职责，因此，在职务层次上不应、也不必设置到高等级的职务层次上，因此，本法规定，非领导职务层次在厅局级以下设置，在省部级以上不设置非领导职务。
第二部分 综合管理类的领导职务
综合管理类的领导职务根据宪法、有关法律、职务层次和机构规格设置确定。
综合管理类的非领导职务非领导职务层次只在厅局级以下设置。
综合管理类以外其他职位类别公务员的职务序列，根据本法由国家另行规定。
一、综合管理类领导职务的设置
公务员法对综合管理类的领导职务的设置未作具体规定，但规定了设置的原则，即综合管理类的领导职务根据宪法、法律、职务层次和机构规格设置确定。这主要是考虑到公务员的调整范围与1993年国家公务员暂行条例相比发生了较大的变化，公务员范围扩大后，综合管理类领导职务的情况比较复杂，需要根据不同的机关区分情况予以确定，故不在法律中作出具体规定。总体上，综合管理类的领导职务可以分为两类：一类是实行选任制的领导职务，另一类是实行委任制的领导职务。
（一）实行选任制的领导职务，例如各级政府的组成人员。实行选任制的领导职务，根据宪法和有关法律的规定确定。根据宪法和地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法的规定，这一类领导职务包括：国家主席、副主席；国务院总理、国务院副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长；中央军事委员会主席、中央军事委员会委员；最高人民法院院长、最高人民法院副院长、审判员、审判委员会委员、军事法院院长、最高人民检察院检察长、最高人民检察院副检察长、检察员、检察委员会委员和军事检察院检察长；省长、副省长，自治区主席、副主席，市长、副市长，州长、副州长，县长、副县长，区长、副区长；乡长、副乡长，镇长、副镇长；本级人民政府秘书长、厅长、局长、委员会主任、科长；地方各级人民法院院长、副院长、庭长、副庭长、审判委员会委员、审判员，地方各级人民检察院副检察长、检察委员会委员、检察员。根据目前公务员的范围，实行选任制的领导职务，还包括各级党委、人大、政协机关实行选任制的领导职务。
（二）实行委任制的领导职务，例如国务院各部委的副职领导人、县级以上地方各级人民政府组织部门的副职领导人，以及各机关内设机构的领导职务。对于实行委任制的领导职务，需要根据本法第十六条规定的职务层次和机构规格予以确定。
二、综合管理类的非领导职务
与综合管理类领导职务的情况不同，由于本法第十六条规定，非领导职务层次只在厅局级以下设置，因此，对于综合管理类非领导职务的名称比较容易统一，故本法对综合管理类非领导职务作出了具体规定，即分为：巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员。
三、综合管理类以外其他职位类别的职务序列
本法第十五条规定：“国家根据公务员职位类别设置公务员职务序列。”本条第一款和第二款规定了综合管理类公务员的职务层次。对于专业技术类、行政执法类以及其他职位类别公务员的职务序列，作为公务员管理的一个基本的法律，本法未作具体规定，而是规定根据本法由国家另行规定。