由于医疗损害赔偿属于民事纠纷，那么一般情况下有三种处理途径：首先，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成立的，当事人可以向卫生行政部门、人民调解委员会等第三方申请调解；也可以直接向法院提起民事诉讼。
一、协商解决
发生了医疗纠纷后，不一定通过繁杂的法律程序来确定赔偿。有的时候，如果医患双方都实事求是、通情达理、患者或者患者家属与医院可以和平协商解决医疗事故的赔偿及善后事宜。
协商具有很大的灵活性，所以没有墨守成规的具体程序。双方当事人协商解决医疗事故赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因，双方当事人共同认可的事实以及协商确定的赔偿数额等。至于具体内容，双方可以灵活掌握，并由双方当事人在协议书上签字。这样一来，有凭有据。
协商解决这一途径，优点和缺点都极为鲜明；优点在于快速高效，省却了大量繁复的程序，可以节省时间和医患双方的精力，并且尽量不给患方增加新的情感伤害。
二、第三方调解
协议需要医患双方共同努力促成，医患双方在自行沟通无效的情况下，还可以寻求第三方介入调解，常见的是行政调解和人民调解委员会调解。
在一些严重的医疗纠纷中，甚至在构成医疗事故的情况下，如果医疗事故已经认定，而医患双方就最终赔偿数额达不成一致意见的话，医患双方可以向卫生行政部门即当地卫生局提出调解申请，由卫生局委托有关医学会做医疗事故技术鉴定，以确定是否构成医疗事故以及构成几级医疗事故，并最后依此确定赔偿数额。
这种解决方法借助行政机关的努力来促成医疗事故赔偿的确定，一是第三者的参与协调有利于快速的解决纠纷赔偿；二是卫生行政部门以其自身的行政影响力有助于医患双方在一定程度上互为退让从而促使纠纷的解决，其优势较为明显。
除此之外，近年来，随着医疗纠纷的逐渐增多，人民调解委员会在化解医患纠纷的矛盾中发挥了重要作用。医疗纠纷人民调解委员会，简称医调会，是依法设立的专业从事医疗纠纷调解的群众性组织。、
第三方介入调解的原则是当事人双方自愿，无论是卫生行政部门还是人民调解委员会调解医疗损害赔偿纠纷，自愿原则都应该贯穿整个调解程序。
三、诉讼程序
医疗损害赔偿纠纷属于民事纠纷，发生医疗损害赔偿纠纷争议时，医患双方可以协商解决，可以寻求第三方帮忙调解，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。因此，诉讼也是医疗损害赔偿纠纷处理中的可以直接选择的程序之一。协商或调解都不是诉讼前的必经程序，实际中完全可以不经过协商而直接进行诉讼。
四、诉前准备
有明确的原告和被告，有具体的诉讼请求和事实，属于人民法院受理民事诉讼的。