一、患者的举证责任
《若干规定》规定了在医疗侵权纠纷中，医疗机构对医疗行为与损害后果之间不存在因果关系以及不存在过错承担举证责任，但这并不意味着患者在医疗侵权纠纷不承担任何责任。
首先，患者要到法院起诉医疗机构，必须证明自己在该医疗机构就诊的事实，要对自己受损害行为提供证据，在什么时间受到什么伤害提供证据，即作为原告的患者的损害与该医疗机构的医疗行为具有事实因果关系，这些事实可以通过患者在医疗机构就诊时的挂号、交费单据等证据证明。否则，如果患者在此医疗机构就诊而起诉其他医疗机构显然是不能成立的主张。
其次，患者要对受损害的结果提供证据，受到了多大的伤害，造成了多么严重的后果，损害数额是怎样计算出来的，这些都是要由原告即患者提供证据加以证明的。
再次，在医疗诉讼中，如果医疗机构提出了充分的证据证明了自己的清白后，而此时就要求患者提供反驳的证据，否则，患者就可能面临败诉的危险。
二、医疗机构的举证责任
（一）无过错举证在医疗侵权诉讼中，实行的是过错责任推定原则。
即医疗机构不能证明或者证明不足自己在医疗活动中没有过失医疗行为，医疗机构的过错推定成立，其要承担医疗损害赔偿责任，因此，在医疗侵权诉讼中，医疗机构首先要证明的是自己在医疗行为中无过错。那么，何为医疗过错呢？目前理论界的通说认为医疗过错的认定标准是医疗行为违反“合理的注意及适当的技术”，即为过错。
违反“合理的注意及适当的技术”义务，主要包括三个层次：
一是审查医护人员在医疗活动中是否违反有关医疗管理法律、法规、条例等的规定，如果违反了上述规定，那么医疗机构就存在过错；
二是专业的注意义务，由于医生是一个特殊的职业，这个职业对其学识、注意程度、技术以及态度的要求，首先要符合具有一般医疗专业水准医师在同一情况下所应具备的标准，如果医疗机构的医护人员尽到了上述专业注意义务，则可以免责。
三是特殊情况下的最善之注意义务，医护人员作为特殊职业群体，医疗方做出的医疗判断和措施不仅应当符合一般专业医疗标准，而且必须是达到最佳判断。法院在审理医疗侵权纠纷时，只有医疗方依照其专业能力做出最佳判断，尽到“最善之注意义务或者完全之注意义务”之时，医疗机构方可免责。另外，还有特殊紧急情况以及特殊患者等原因，作为医疗机构必须依靠其专业知识、能力等，最大限度地减低和避免风险，才能算是尽到“最善之注意义务”。医疗机构在无过错责任举证中，必须证明自己完全没有过错，如果不能证明自己完全没有过错，那就要承担一定地责任，至于过错责任程度，决定地只能是责任的大小，而不能决定责任的有无。
（二）无因果关系举证在医疗侵权纠纷中，医疗机构的另一个需要证明的是医疗行为与患者的损害后果之间不存在因果关系。