一、存在问题
事实上，农村集体建设用地的流转试点工作，已在全国部分省市展开，实践也证明这一做法给当地经济发展注入了巨大的活力，但另一方面，也普遍存在着一些问题。
民革中央通过调研分析，认为当前农村集体建设用地流转突出存在以下问题:
（1）现行试点和地方法规与国家法律冲突。
由于我国宪法和土地管理法都规定，城市的土地归国家所有，农村集体土地只有通过政府征收或征用才能转化为城市建设用地，所以，只要农村集体建设用地未经国家征收和征用便进入市场，无论采取何种形式，都会改变城市土地单一国有的格局，从而与宪法和土地管理法产生抵触。
（2)土地管理体制不健全，导致农村集体建设用地流转无序。
农村集体建设用地流转大多处于自发和无序状态，一是由于城乡二元结构下城市规划只规划国有土地，对于流转到或即将流转到城市来的农村集体建设用地尚未纳入城市建设整体规划中;二是由于地方政府的利益驱动，导致区域内土地的开发整理、农村集体建设用地的流转都由各行政区各自决策，缺少全国统一的规划协调和统筹安排;三是违反规划擅自转变农地用途的现象仍十分严重。
(3)农村集体建设用地和国有建设用地产权地位不平等。
这种不平等表现在:城市国有建设用地有正式的土地使用权拍卖市场，实行市场定价，而农村集体建设用地流转的使用权市场体系和价格制度一直没有建立起来，以致造成"同地不同价";城市建设用地使用主体有使用权证，可以作为抵押到银行等融资机构进行再融资和资产评估，而农村建设用地没有使用权证，也不能进行上述的抵押和融资行为，不具有资产功能。
(4)农村集体建设用地流转中产权界定不清。
土地管理法第十条对集体土地产权作出规定:农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理;已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理;已经属于乡(镇)农民集体所有的，由乡(镇)农村集体经济组织经营、管理。
二、登记发证
通过农村集体土地确权登记发证，依法确认农民土地权利，强化农民特别是全社会的土地物权意识，有助于有效解决农村集体土地权属纠纷，在城镇化、工业化和农业现代化进程中切实维护农民权益;土地确权登记发证的过程，是进一步查清宗地的权属、面积、用途、空间位置，建立土地登记簿的过程，从而确认农民集体、农民与土地长期稳定的产权关系，可以进一步激发农民保护耕地、节约集约用地的积极性。
中共十八届三中全会审议通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》。《决定》指出，建立城乡统一的建设用地市场。在符合规划和用途管制前提下，允许农村集体经营性建设用地出让、租赁、入股，实行与国有土地同等入市、同权同价。
《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》中指出，必须健全体制机制，形成以工促农、以城带乡、工农互惠、城乡一体的新型工农城乡关系，让广大农民平等参与现代化进程、共同分享现代化成果。
（1）构建新型农业经营体系
坚持家庭经营在农业中的基础性地位，推进家庭经营、集体经营、合作经营、企业经营等共同发展的农业经营方式创新。坚持农村土地集体所有权，依法维护农民土地承包经营权。稳定农村土地承包关系并保持长久不变，鼓励承包经营权在公开市场上向专业大户、家庭农场、农民合作社、农业企业流转，发展多种形式规模经营。
（2）全面放开小城市落户
加快户籍制度改革，全面放开建制镇和小城市落户限制，有序放开中等城市落户限制，合理确定大城市落户条件，严格控制特大城市人口规模。把进城落户农民完全纳入城镇住房和社会保障体系，在农村参加的养老保险和医疗保险规范接入城镇社保体系。从严合理供给城市建设用地，提高城市土地利用率。
(3）建设用地市场城乡统一
在符合规划和用途管制前提下，允许集体经营性建设用地出让、租赁、入股，实行与国有土地同等入市、同权同价。缩小征地范围，规范征地程序，完善对被征地农民合理、规范、多元保障机制。扩大国有土地有偿使用范围，减少非公益性用地划拨。建立兼顾国家、集体、个人的土地增值收益分配机制，合理提高个人收益。