中国知识产权执法实行司法与行政并行的双轨制，根据中国现行法律，知识产权行政执法权又分属不同的行政机关，这些行政机关的执法权又难免存在一些交叉。因此，对遭受侵权的权利人来说，需要对各执法机关的职能有一定了解，才能准确地找到相应的执法机关投诉，寻求有效的权利保护。
一、司法机关
（一）法院
如果权利人选择用司法程序解决问题，那么向法院提起诉讼是唯一途径。最高法院对知识产权的民事案件规定了级别管辖原则，中级法院作为一审法院，少数基层法院作为补充。对于知识产权的行政案件，则规定了专属管辖原则。如专利纠纷第一审案件，由省级政府所在地的中级法院和最高法院指定的中级法院管辖。而专利行政纠纷案件的一审均由北京一中院管辖，二审由北京市高级法院管辖。知识产权的民事诉讼还涉及到地域管辖。《民事诉讼法》规定侵权行为由侵权行为地或被告住所地法院管辖，侵权行为地又包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。在共同诉讼中，侵权行为地可能有多个。以商标侵权案件为例，侵权行为地包括侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地以及查封扣押地。
（二）检察院、公安局
知识产权的刑事案件一般是经权利人举报或由其他行政机关移交公安机关，公安机关立案侦查后移送检察机关提起公诉，最后由人民法院作出刑事判决。
二、行政机关：
（一）国家知识产权局、专利局
国家知识产权局专利局受理、审查专利申请，并依法授予专利权；国家知识产权局专利复审委员会负责对复审请求的审查、初审驳回的复审、实审驳回的复审、专利权无效宣告请求的审查。国家知识产权局还设立了集成电路布图设计行政执法委员会，负责处理侵犯布图设计专有权的纠纷，调解侵犯布图设计专有权的赔偿数额。
国家知识产权局和各地方的知识产权局处理专利侵权纠纷，查处假冒他人专利和冒充专利行为。地方知识产权局基本设在大中城市，只有少数设在县级城市。
（二）工商行政管理局、商标局
国家工商行政管理总局下设的商标局主管全国商标注册和管理工作，商标评审委员会负责处理商标争议事宜。各级工商部门与知识产权相关的执法包括查处垄断、不正当竞争行为，查处商标侵权行为，保护注册商标专用权，对企业名称、驰名和著名商品特有的名称、包装、装潢、商业秘密、商标等实施监督管理和综合保护。其中侵犯商业秘密的行为由县级以上工商行政管理机关认定处理。
各地方的工商机关下设部门较多，分管内容不同，而且各地机关的内部设置也略有差异。权利人在投诉时，需要找到对应的部门。知识产权执法工作一般由各地工商局内设的市场管理科、公平交易处、商标监管处等部门负责。
（三）文化局、新闻出版局、版权局
著作权的登记和管理工作由国家新闻出版总署（国家版权局）主管，其下属的中国版权保护中心负责办理普通作品著作权登记和软件著作权登记。各地方的新闻出版局(版权局)负责办理本辖区内的著作权（软件除外）登记工作。国家新闻出版总署（国家版权局）负责查处或组织查处有重大影响的著作权侵权案件和涉外侵权案件。
许多地方的新闻出版局、版权局和文化局是同一个机关，有些地方文化局下设版权管理处。
文化局的执法也会涉及知识产权领域，譬如在“扫黄打非”行动中，打击非法出版物的执法。
（四）农业部、林业部
农业植物新品种权的审批机关为农业部，农业部植物新品种保护办公室承担农业植物新品种权申请的受理和审查任务。林业植物新品种权的审批机关为国家林业局，国家林业局植物新品种保护办公室负责林业植物新品种权申请的受理和审查任务。
假冒授权品种的，由县级以上人民政府农业、林业行政部门依据各自的职权责令停止假冒行为，没收违法所得和植物品种繁殖材料，并处罚款。
（五）品种权侵权案件的涉案品种权人或利害关系人可以请求省级以上人民政府农业、林业行政部门依据各自的职权进行处理。省级以上人民政府农业、林业行政部门依据各自的职权处理品种权侵权案件时，可以责令侵权人停止侵权行为，没收违法所得，并处罚款。
省级以上人民政府农业、林业行政部门依据各自的职权，根据当事人自愿的原则，可以对侵权所造成的损害赔偿进行调节。
（六）海关
海关保护的知识产权是与进出口货物有关的商标专用权、专利权、著作权和与著作权有关的权利，保护程序分为备案、扣留、调查、处理四个阶段。权利人要求海关对其与进出境货物有关的知识产权实施保护的，应当将其知识产权向海关总署备案。备案的权利人发现侵权货物即将进出境时，可向口岸海关提出采取保护措施的申请，海关根据申请对侵权嫌疑货物予以扣留。当事人有权属和侵权争议，提请知识产权主管部门处理或向人民法院起诉，或由海关进行调查。经海关、知识产权主管部门或人民法院确定为侵权货物的，由海关予以没收，并依法予以销毁或清除侵权标识。对于明知或应知其进出口货物侵犯他人知识产权的收发货人，海关还可处以进出口货物等值以下的罚款。
（七）质监局、信息产业部、中国互联网络信息中心
质监部门负责制定国家标准、行业标准、地方标准，并对企业制定的产品标准备案。同时，质监局也是查处假冒、伪劣商品的主管部门。各地方质监局侧重打击生产假冒伪劣产品的行为，与工商机关打击假冒商标的执法有重叠。不过现在有些假冒商标的侵权产品并不伪劣，这部分该如何执法并未明确。
（八）保护知识产权举报投诉服务中心
2006年商务部已在全国设立50个保护知识产权举报投诉服务中心，面向全社会接收有关侵犯商标权、专利权、著作权等知识产权行为的举报投诉，为权利人和社会公众提供与知识产权保护有关的咨询服务；还对接收的举报投诉进行初步审查，将符合接受条件的举报投诉转交相应的行政执法机关和公安、司法机关依法办理，并将举报投诉转交、办理的情况反馈举报投诉人。