一、收取主体
法律法规对履约保证金交付给谁没有明确规定。从表面上看，履约保证金与合同履行密切相关，似乎应该由采购人收取，但这是片面的。政府采购具有公共政策功能，政策功能的体现应是全方位、具体的，包括对履约保证金的管理，集中采购机构不能让履约保证金变成采购人手中可以任意处置中标人的武器。
其实采购人不恰当地使用履约保证金的情况时有所见，如以履约保证金作为要挟条件，迫使中标人增添或改变部分合同内容，以履约保证金抵合同预付款，合同执行完毕后履约保证金迟迟不退还或被占用。从这个角度上说，履约保证金应由集中采购机构收取，从而保持操作的连贯性、一致性，集中采购机构作为中间方，能站在公正立场上正确处理履约问题，同时也便于对采购人与供应商进行有效控制，维护双方的合法权益。
二、收取标准
履约保证金收取标准应该遵循几个原则：
履约保证金的数目要大于合同预付款数目，以规避可能存在的风险；履约保证金的数目要与投标保证金持平或稍高，技术含量高、不能准时履约将会给采购人带来巨大损失的项目，要适当提高履约保证金数额；
履约保证金数额的确定要与合同付款条件联系起来，初步设想两者之间应该成反比关系，即分阶段付款条件对供应商有利时，履约保证金应该多收，反之则少收。
三、合同履约保证金的现实意义
不少采购机构在标书中注明投标人中标后投标保证金将自动转为履约保证金，一旦投标保证金履约保证金金额偏少时，转入履约保证金阶段还要补交。按照“18号部长令”规定的“5日内退还”，按照标书规定，又必须在交纳履约保证金后才能退还投标保证金，来回折腾，办事效率不高。从这个角度来说，一旦投标过程未发生不良行为，中标后投标保证金自动转成履约保证金，不足部分补齐，这样还是比较稳妥的。
一旦集中采购机构建立了供应商的诚信档案，确立了综合考核与评估制度，结合工商行政管理部门和各领域的行业协会设立的供应商诚信档案记录，能对供应商的诚信等级做出正确评估时，履约保证金也就到了该退出历史舞台的时候。