“一口价”合同的工程价款结算一般会涉及工程承包合同的有效性以及工程的施工质量和进度管理等因素。
“一口价”合同的工程价款结算时，承发包双方往往会对合同或合同约定的工程价款结算条款存在很大分歧，往往以有利于自己一方的观点来否认合同或合同约定的工程价款结算条款，使工程结算达不成一致。
1、工程承包合同有效，一方对价款结算方式提出异议
工程竣工后，承发包一方认为合同约定的价款结算方式不能反映工程实际造价，有违公平原则，寻求价款结算调解;或者双方产生较大分歧后对簿公堂，人民法院认定合同或合同价款结算条款有效。依据《最高人民法院关于审理工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“司法解释”)第22条规定，合同约定按固定价结算工程价款的，当事人一方要求进行造价鉴定的，不予支持，依据这一条款，应按合同约定价结算，即按合同约定的“一口价”进行结算。
这种“三边”工程是违反我国基本建设程序的基本规则，合同以固定价款结算，又没约定风险范围和条件，由于种种原因，约定的价款结算方式不能反映工程实际情况和造价，这一条款违反合同法最基本的“公平”原则，显失公平，因此认为该种工程价款结算不适用司法解释第22条，应按司法解释第16条的规定结算，只要竣工验收合格的，则应按实结算的原则，即只要干活了，就要计价。边设计边施工时的图纸就是该工程的计价图纸，并依照签订工程承包合同时当地建设行政主管部门颁布的计价依据进行竣工结算。
2、工程承包合同被人民法院认定为无效合同
工程竣工后，承发包双方就结算协商不能一致，对簿公堂，由于一方的过错，施工合同被人民法院认定为无效合同，但不论是承包人的过错还是发包人的过错，并依据司法解释都应按实进行工程价款结算或鉴定，即按施工图纸，依照签订工程承包合同时当地建设行政主管部门颁布的计价依据进行造价竣工结算或鉴定。但在结算或鉴定时，应区分哪一方过错导致合同无效。
(1)承包方的过错导致合同无效，如无资质、超越或借用资质承包，违法分包、转包。承包人除承担相应的民事和刑事责任外，结算或鉴定价款中只能包括直接费、间接费、税金等部分，利润作为非法所得，人民法院可以依法收缴，当承包人过错导致工程竣工验收不合格，依据司法解释，承包人应进行修复，经修复后验收合格的，承包人还应承担全部修复费用和相应的民事责任;
(2)发包人过错导致合同无效，如未按有关招投标法律法规进行招标或者被认定中标无效，结算或鉴定价款中应包括直接费、间接费、税金、利润等全部工程价款。对于依法必须招标的工程项目，发包人未依法定程序进行招投标，并办理相关手续的，承包人宜提醒发包人，以避免合同无效。如果人民法院收缴利润，承包人可以将利润作为损失，要求对造成合同无效有主要过错方的发包人承担。