一、规范行政许可的设定和实施
这可以概括为最直接的立法目的，也反映了行政许可立法的必要性。所谓行政许可设定权，就是规定公民、法人或者其他组织从事某些特定的活动，需要事先经行政机关批准的权力。过去，行政许可的设定权不够明确，设定主体比较混乱，致使行政许可事项不断增加，加大了经济发展成本，甚至阻碍了经济和社会的发展，妨碍了公民、法人或者其他组织的创造性和积极性。为了从源头上解决行政审批过多过滥的问题，本法在立法宗旨上，开宗明义，要规范行政许可的设定。本法在规范行政许可的设定上，主要从两个方面入手：一是规范行政许可的设定范围，明确了可以设定行政许可的主要事项；二是规范设定行政许可的主体，严格限制和减少设定主体。根据本法的规定，享有行政许可设定权的，只有法律、行政法规（包括国务院的决定）、地方性法规以及省级人民政府规章。过去曾大量设定行政许可的部门规章，被取消了设定权；对省级人民政府设定行政许可，也作了严格的限制。除了法律、行政法规（包括国务院的决定）、地方性法规和省级人民政府规章外，其他规范性文件，一律不得设定行政许可。凡是设定了行政许可的，一律无效，并予以撤销。这对从源头上治理行政审批过多过滥的现象具有重要意义。行政许可的实施，就是指行政机关按照法定的程序，批准或者不批准公民、法人或者其他组织的行政许可申请的活动以及对被许可人的监督和管理等。过去由于行政许可的实施程序没有统一立法，行政许可的办理，在不同地区、不同部门，有很大的差异。有些审批程序不公开、不公平，成为腐败的温床；有些审批程序非常繁琐，不利于老百姓办事。行政许可立法，一方面要减少行政审批，另一方面要简化行政审批程序。实施行政许可，要做到公正、公开，公布许可条件，禁止暗箱操作；一个行政机关实施行政许可涉及机关内部几道环节的，应当“一个窗口”对外；依法需要几个部门许可的，要集中统一办理，尽量减少多头审批；决定行政许可，行政机关应当听取当事人的意见，不予许可的要说明理由等。
二、实现保护公民利益和维护公共利益的统一
这可以理解为行政许可立法的间接目的，即在规范行政许可的设定和实施的过程中，所要达到的目的。它体现了行政许可法的价值取向。主要包括以下几点：
1．保护公民、法人和其他组织的合法权益。国家行政机关在负责组织、领导和管理国家行政事务，行使国家行政管理职权的过程中，根据宪法、法律、行政法规、地方性法规以及行政规章的规定，可以采取行政措施，依职权作出各种具体行政行为。虽然行政机关的行政行为必须依据法律或者在法律规定的范围内作出，但国家行政机关在国家机构中是机关最大工作人员最多，管理的范围和涉及的领域最广，同公民关系最为密切的机关，在行使职权时也最容易与相对人发生纠纷。就行政许可的实施而言，行政机关可以批准或者不批准行政许可申请人的申请，可以撤销、吊销、注销已经颁发的行政许可，可以对被许可人进行种种监管等。这些权力运用不当，都有可能侵犯被许可人的合法权益。本法对行政许可设定和实施的规范，在设计有关制度和程序的时候，一个重要的指导思想就是要保护公民、法人或者其他组织的合法权益。如行政许可的设定和实施，应当依照法定权限、范围、条件和程序；应当遵循公开、公正、公平的原则；应当遵循便民的原则。公民、法人或者其他组织对行政机关实施行政许可，享有陈述权、申辩权；有权申请行政复议或者提起行政诉讼；其合法权益因行政机关违法实施行政许可受到损害的，有权依法要求赔偿。特别是本法还规定了信赖保护原则，公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可，受法律保护，行政机关不得擅自撤销。这些都是保护公民、法人或者其他组织合法权益的直接体现。
2．维护公共利益和社会秩序。不同公民的权利和自由的有机组合、和谐相处的状态构成了社会发展和稳定所必须的秩序。维护这种秩序，成为社会成员的一种共同利益和要求。当某一个个体的权利和自由超越一定的界线，不断膨胀和扩大时，就会影响或损害他人的权利和自由，进而损害公共利益和社会秩序。因此对权利和自由的行使要有一定的限制和监督，这就是行政管理的任务之一。公共利益和社会秩序并不脱离公民的权利和自由单独存在，而是通过具体的权利和自由体现出来。对公共利益和社会秩序的维护，也是从根本上维护大多数人的利益。行政许可立法致力于在保护公民权利与维护公共利益和社会秩序方面，寻找最佳结合点。如行政机关实施行政许可，一方面要坚持公开、公平和公正的原则，接受公民、法人或者其他组织的监督；另一方面，行政机关要对被许可人从事许可活动实施有效监督，对违法从事许可活动的个人和组织，依法给予处理。需要指出的是，公共利益在本质上是非人格化的利益，是不特定多数人的利益。它与部门利益、单位利益和小集体的利益是有本质区别的。实践中，有的假借公共利益之名，行谋取部门利益、小集体利益之实，这是应当予以警惕和注意的。
3．保障和监督行政机关有效实施行政管理。保障公民的权利和自由，维护公共利益和社会秩序，都需要行政机关积极开展工作来实现。但在对行政机关权限的赋予上，要两者兼顾。行政机关的权限过小、手段过少，会影响上述目的的实现；但权限过大，缺乏监督，就有可能导致权力滥用，同样会影响上述双重目的的实现。正是基于以上要求，本法对行政机关的规定，包括两个方面，一是保障行政机关依法行使职权，二是监督行政机关依法履行职责。在行政法的发展历史上，先后有两种理论观点，一种强调管理，即行政法就是管理法，侧重于保障行政机关行使职权，赋予其充分的法律手段；另一种强调控制和抑制行政权，以保护公民的权利。现在，我国的行政法理论已基本形成了一种共识，即对行政机关，既要保障其依法行使职权，又要加强对其行使权力活动的监督。我国的行政诉讼法、行政复议法、行政处罚法等都体现了这一思想。行政许可法也不例外，也体现了保障与监督并举的宗旨。一方面，赋予国务院和省级人民政府一定的行政许可设定权，方便他们及时运用行政许可手段进行管理；规定行政许可的实施机关和实施程序，保障行政机关依法实施行政许可；赋予行政机关监督检查权，保障了行政机关对行政许可的监管；规定违反行政许可管理的法律责任，保障了行政机关的处罚手段等。另一方面，监督行政机关实施行政管理，如在行政许可的实施过程中，规定了行政机关的具体责任；公民可以提请行政复议和行政诉讼；上级行政机关、监察机关等可以监督行政机关实施行政许可的行为；行政机关及其工作人员违法实施行政许可应当承担相应的法律责任等。