一、工程质量保修金的诉讼时效
关于工程质量保修金的返还请求权的诉讼时效期间，同样应自当事人约定的保修款返还期限届满之次日起算。当事人约定保修款在保修期届满后支付的，则保修款返还请求权的诉讼时效自保修期届满之次日起算。
二、工程款结算的诉讼时效
部分工程在工程完工后，因建设方拖延而迟迟不能办理结算，有部分施工企业认为，工程没有办理结算，则不存在超过诉讼时效的问题。但根据《深圳市中级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的指导意见》第37条的规定，工程结算也应有诉讼时效，该意见规定：“承包人结算工程价款请求权的诉讼时效期间为两年，自当事人约定的结算期限届满之日起算。当事人约定于工程竣工验收合格之日起结算的，诉讼时效期间自工程竣工验收合格之日起算；当事人约定发包人在收到承包人结算文件后之结算期限内协助结算的，诉讼时效自该结算期限届满之日起算；建设工程施工合同被解除的，诉讼时效期间自合同被解除之日起算。”
建设工程竣工验收合格后，发包人应当与承包人结算工程价款，发包人怠于履行结算义务的，承包人得以请求人民法院判令发包人结算工程款。承包人请求结算工程款的请求权属于财产请求权，适用法律关于诉讼时效的规定。《民法通则》第一百三十七条规定：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。”结算请求权的诉讼时效应自该权利被侵害时起算，具体表现为发包人怠于履行结算义务的违约行为成立之时，因此，确认结算请求权之诉讼时效期间的起算点，应考察双方当事人关于结算义务履行期限之具体约定。当事人约定自工程竣工验收合格之日起结算工程价款的，工程竣工验收之后，发包人怠于履行该结算义务时，承包人可向法院起诉请求履行，其诉讼请求的时效期间起算点为工程竣工验收合格之日。当事人约定工程竣工验收合格后，由承包人向发包人提交结算文件，发包人在接到结算文件的合约定期限内予以审核并作出答复的，发包人应当在该期限内确确表示同意或不同意该结算结果，表示不同意的，应及时配合承包人重新结算。发包人未在约定期限内答复，则答复期限届满可认定其怠于履行结算义务，诉讼时效自答复期限届满之日起算；发包人在仅约定期限内答复不同意结算结果的，但怠于与承包人进行协商，重新进行结算的，视为其怠于履行配合结算义务，承包人请求结算的诉讼时效自答复期限届满之日起算。
对于合同被解除的情形，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十条规定：建设工程施工合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款。建设工程施工合同被解除后，承包人依据该司法解释，即可向发包人请求结算已完工程的相应工程款，并依照结算结果支付工程款，因此，承包人请求发包人结算工程款的请求之诉讼时效期间自合同被解除之日起算。
建筑施工企业应根据上述的意见，及时向建设单位主张工程价款结算。在实际操作过程中，一定要注意保留主张结算的材料，否则在诉讼中，如果对方不承认施工企业曾主张结算，则施工企业将处于不利地位。
三、违约金及利息的诉讼时效
部分施工工程合同会约定一旦迟延付款或有其他违约行为，应支付违约金及利息。违约金属于单独的债权，如果当事人对违约金的支付时间有约定的，应从约定的支付之日起计算诉讼时效，没有约定的，应从结算完毕的时间起算；而利息则属于工程款的从属债务，和工程款属于同一债务，其诉讼时效的起算点应和工程款债务一致。
另外，《广东省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的意见》(粤高法发[2006]37号)第(四)条规定：没有证据证明当事人已同意不计算结算前的违约金和垫资款利息，一方当事人在结算完毕后再主张结算前的违约金和垫资款利息的，可予支持。但如果当事人对违约金和垫资款利息的支付时间有约定的，应从约定支付之日起计算诉讼时效期间；如果当事人对违约金和垫资款利息的支付时间没有约定的，应从工程结算之日起计算诉讼时效期间。如双方未自行结算需委托中介机构进行造价鉴定的，从收到中介机构的鉴定报告之日起计算诉讼时效期间。