工程款因数额巨大，一般均为分期支付，对于分期履行的债权，由于各期债权的履行期限不同，则该债权的诉讼时效期间应以何为起算点?就建设工程施工合同纠纷案件而言，承包人工程款请求权的诉讼时效应自工程款支付期限届满之次日起算，但当事人约定由发包人按工程进度支付进度款的，则承包人对于发包人的工程款请求权分为不同的履行期限履行，此种情形下，承包人向发包人主张工程款支付请求权的，其请求权的诉讼时效期间应如何起算。
《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第五条规定：“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算。”深圳地方司法意见《深圳市中级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的指导意见》第34条也有类似的规定：“建设工程施工合同的工程款支付请求权之诉讼时效期间自合同约定的最后一期工程款的支付期限届满之次日起算；工程质量保修款返还请求权的诉讼时效期间自保修款应返还日之次日起算。”
当事人约定工程款以进度款分期支付的情形属于同一笔债务分期履行的情形，工程款支付请求权是一笔债权，应适用一个诉讼时效起算点，因此，根据上述司法解释及司法意见，应认定建设工程施工合同的工程款支付请求权之诉讼时效期间自合同约定的最后一期工程款的支付期限届满之次日起算。
要特别注意的是，一般建设工程均要求施工单位保留部分工程款作为保修金，在工程竣工验收后二年或更长的时间归还。那么，保修金和之前的工程款是否属于同一债务。如果属于同一债务，则施工企业因承建建设工程的所有款项的诉讼时效为保修金支付期限届满两年内；如保修金和其他部分的工程款不属于同一债务，则其他工程款和保修金的诉讼时效需要分别起算。
工程款和保修金不属于同一债务，因为保修金的性质实际是施工企业为保证自己履行保修义务，支付给建设单位的保证金，只是因为建设单位仍欠付工程款，由建设单位直接扣留而已，但性质已由建设单位应支付的工程款而转为施工企业支付给建设单位的保证金。另外，《深圳市中级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的指导意见》也将工程款和保修金的诉讼时效问题分别做了规定，因此，施工企业从谨慎的角度出发，应以保修金前的最后一笔工程款的支付时间作为工程款诉讼时效起算点。