工程造价司法鉴定应遵循科学、客观、公正、合法的原则。科学，即用专门知识采用科学方法进行鉴定；客观，即按照工程的真实面貌作出分析判断；公正，即要客观地听取两方的意见，并且最好同时听取，公开地进行鉴定活动；合法，即从委托到受理，从形式到内容，从技术手段到依据标准必须符合有关法规的要求。
(一)初始鉴定
司法鉴定机构应在3日内指派具体承办的司法鉴定人进行初始鉴定。鉴定人应具备工程造价司法鉴定资格。同一司法鉴定事项由二名以上人员进行鉴定时，第一鉴定人对鉴定情况负主要责任，其他鉴定人负次要责任。
1、鉴定方案的确定
司法鉴定人要全面了解熟悉案情，对送鉴材料要认真研究，了解当事人争议的焦点和委托方的鉴定要求，结合工程合同和有关规定提出鉴定方案。因为建设工程情况错综复杂，鉴定方案直接影响着鉴定结论，所以鉴定方案必须经鉴定机构的技术负责人批准后方能实施。
2、案情调查
(1)案情调查的重要作用：
一是避免其中一方当事人的先入为主，能够客观、公正地了解案情；
二是克服送鉴材料的局限性，对一些不完整、表达不清楚、有矛盾的地方必须经双方当事人共同澄清；
三是确定现场勘验的进行，现场勘验必须经双方当事人共同确认并通知委托人方能进行。
(2)案情调查采用的形式
一种是调查听证会，请当事人分别陈述案情及争议的焦点，目的是充分听取各方的意见。鉴定在听证会上应严格保持中立，绝不妄加评论。
另一种是现场勘验调查会，对当事人争议的地方进行现场实测、实量、实查、实验。
案情调查视工程情况，可以举行一次或多次。每次案情调查会应由第一司法鉴定人主持，专人负责记录，并形成会议纪要，会议纪要由参与者签字后方能作为鉴定的依据。
3、工程造价司法鉴定的依据
(1)司法鉴定委托书或司法鉴定委托受理协议书；
(2)诉讼状与答辩状等卷宗；
(3)诉讼当事人双方签订的工程施工合同、补充合同、附属于合同的招投标文件、中标通知书；
(4)合同约定的有关定额、标准、规范；
(5)合同约定的主要材料价格；
(6)工程造价所依附的工程有关图纸、技术资料；
(7)根据工程具体情况应依据的有关文件，其它资料等。
(二)工程造价司法鉴定结论的复核
为确保鉴定工作质量，工程造价司法鉴定结论应由本机构中具有高级工程师职称且具有注册造价工程师资格的司法鉴定人复核，复核人对鉴定结论承担连带责任。
(三)工程造价司法鉴定中复杂、疑难问题的论证
工程造价司法鉴定中如对复杂、疑难问题或鉴定结论有重大意见分歧时，可以聘请本行业中的专家举行论证会，根据论证意见，最后仍由工程造价司法鉴定机构作出结论，不同意见应当如实记录在案。
(四)补充鉴定、重新鉴定、终局鉴定
1、补充鉴定
发现新的相关鉴定材料，或原鉴定项目的有遗漏，或质证后需要补充其他事项的情况下，可进行补充鉴定。补充鉴定由原司法鉴定人进行。补充鉴定文书是原司法鉴定文书的组成部分。
2、重新鉴定和终局鉴定
需要重新鉴定的实施主体，不得由原鉴定人进行。
重新鉴定的范围如下：
(1)原鉴定机构、鉴定人不具备司法鉴定资格或超出核定业务范围鉴定的；
(2)送鉴材料失实或者虚假的；
(3)鉴定人故意作虚假鉴定的；
(4)鉴定人应当回避而未回避的；
(5)鉴定结论与实际情况不符的；
(6)鉴定使用的仪器和方法不当，可能导致鉴定结论不正确的；
(7)其他因素可能导致鉴定结论不正确的。
重新鉴定最多可以进行两次，对第一次重新鉴定有异议的，经司法机关决定，应当委托司法鉴定专家委员会鉴定。由于全国尚未作统一的规定，目前司法鉴定专家委员会的鉴定结论，一般为省内的终局鉴定。