医疗事故的行政处理程序包括以下几个步骤：
一、对重大医疗过失行为进行调查
（一）县(市)区卫生行政部门接到辖区内医疗机构关于重大医疗 过失行为的报告后，除责令医疗机构采取必要的医疗救治措施，防止损害后果扩大外，应立即组织专人进行调查；
（二）参加调查人员应包括卫生行政管理人员和有关医学专家；
（三）对事件进行认真的调查研究，查证核实后，提出调查处理意见(对于事实清楚、因果关系明确的重大医疗过失行为，卫生行政部门可以判定为医疗事故。对于因医学科学的技术性、专业性和复杂性无法判定是否属于医疗事故或需要明确重大医疗过失行为与患者人身损害之间是否存在因果关系、损害程度的，应当交由市医学会组织首次医疗事故技术鉴定)。
二、对医疗机构报告的医疗事故进行审核并逐级报告
（一）医疗事故发生医疗事故后应向其所在地县(市)区卫生行政 部门报告，报告时限可以在医疗事故发生后及时报告，也可以按年度报告。出现下列情形之一的重大医疗过失行为时，医疗机构应当在过失行为发生后的12小时内向所在地县(市)区卫生行政部门报告：
1、医疗过失行为导致患者死亡或可能为二级以上医疗事故的;
2、医疗过失行为导致3人以上(含3人)患者人身损害后果的;
3、卫生部或本省卫生行政部门规定的其他情形。
（二）医疗机构向卫生行政部门报告的内容包括：报告单位、报告时间;事故发生时间、地点、经过、后果(死亡、残废、器官损伤、功能障碍以及其他人身损害后果等);医患双方当事人的情况;死亡患者是否尸检、尸检结果;初步处理意见等。
（三）县以上卫生行政部门应当按照规定逐级将当地发生的医疗事故以及依法对发生医疗事故的医疗机构和医务人员作出行政处理的情况上报至国务院卫生行政部门，其内容如下：
1、本行政区域内医疗事故发生的情况，如医患双方当事人协商解决、卫生行政部门调解解决和人民法院调解或者判决解决的医疗事故情况，医疗事故等级、医疗事故赔偿数额等;
2、卫生行政部门对发生医疗事故的医疗机构和医务人员作出行政处理的情况。
三、受理当事人医疗事故争议处理申请
发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的由所在地的县(市)区卫生局受理。
有下列情形之一的县(市)区卫生局应当自接到医疗机构的报告或当事人提出医疗事故争议处理申请之日起7日内移送市卫生局处理：
1、患者死亡；
2、可能为二级以上医疗事故的。