1.运输合同纠纷管辖权的界定
在铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同发生的纠纷，不同于一般的合同纠纷，即包括一方不履行合同发生的纠纷，如无故拖延运输期限，又包括在运输过程或者到达目的地时，托运的物品被损坏、丢失，或者对运输工具、设备造成损害，以及旅客人身遭受损害所发生的赔偿纠纷。这类合同纠纷，可能发生在运输合同始发地、中转地、也可能发生在运输到达地。发生运输合同纠纷按照以下方式解决：
（1）当事人因为上述运输合同发生纠纷，经过双方协商，可以自行解决，也可以向仲裁机构申请仲裁；
（2）看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权；如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院肯定有管辖权；
（3）如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权；
（4）如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖；
（5）如果提起诉讼，根据我国《民事诉讼法》第28条规定，“因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。”
根据我国《民事诉讼法》第34条的规定，非涉外诉讼中的协议管辖只适用合同纠纷的第一审案件；协议管辖是要式行为，必须采用书面形式；协议管辖当事人可选择的法院有原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地、标的物所在地的法院；当事人须在协议中对管辖法院作出明确的约定，不明确则管辖无法依协议而确定；当事人选择法院时，不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
2.运输侵权纠纷的管辖
（1）因铁路、公路、水上和航空事故请求损害赔偿提起的诉讼，由事故发生地或者车辆、船舶最先到达地、航空器最先降落地或者被告住所地人民法院管辖；
（2）因船舶碰撞或者其他海事损害事故请求损害赔偿提起的诉讼，由碰撞发生地、碰撞船舶最先到达地、加害船舶被扣留地或者被告住所地人民法院管辖。
3.没有被告住所管辖
（1）因海南救助费用提起的诉讼：由救助地或者被救助船舶最先到达地人民法院管辖；
（2）因共同海损提起的诉讼：由船舶最先到达地、共同海损理算地或者航程终止地人民法院管辖。
4.铁路运输法院的管辖
铁路运输合同纠纷及与铁路运输有关的侵权纠纷。