农村土地承包经营权流转纠纷的原因如下：
1、司法的尴尬。司法作为解决社会矛盾的最后一道屏障。在面对大量涌出的、直接关系到所涉当事人“命根子 ”的利益和农村社会的稳定的这一类纠纷，尽管非常慎重，但仍然难以避免这样的尴尬，因为很多流转户之间根本没有流转协议，举不出证据来，法律公正又难以维持，这样的裁判结果可能引发大量流转户之间的纠纷和诉讼。
2、立法的欠缺。目前我国法律关于农村土地承包经营权流转方面的规定主要是《土地承包法》的第五节第三十二条至第四十三条，共十二个条文，内容比较原则，缺乏可操作，对于各种流转方式应当履行的程序性要求，缺乏具体详细的规定。如第三十七条中“采取转让方式流转的，应当经发包方同意；采取转包、出租、 互换或者其他方式流转的，应当报发包方备案。”的规定，在实践中没有起到约束当事人流转的作用。原因是《土地承包法》中对不依法履行上述程序性要求，应当承担的法律后果没有相应的规定。所以农民在土地承包经营权流转中很随意且不受拘束。
3、仲裁机构没有发挥纠纷仲裁作用。现在多数群众还不知道发生土地承包经营权流转纠纷可以申请仲裁以及如何谁申请仲裁；县仲裁委也由于经费、人员的困扰很难开展工作。
4、镇、村管理服务的缺失。现在绝大多数乡镇没有行之有效的土地承包经营权流转管理制度，没有真正发挥作用的管理部门和人员，使农村土地承包经营权的流转处于一种无序、近乎失控的状态；而村集体经济组织对土地承包经营权流转方面的管理也近乎空白，不少村干部没有管理的意识，认为村里中心工作都忙不过来，群众自愿流转不必操那闲心，因此也就没有这方面的管理措施和管理行为。
5、农民法律意识和法律知识的缺乏。绝大多数农户认为土地三十年内承包权是自己的，流转与村里没有关系，不必报村里批准或备案；有的农户认为流转无需签订书面协议，都是乡邻乡亲的，平时相互也了解，口头说一下就行了，立书面协议显得见外。
6、流转行为的不规范。《土地承包法》第三十七条规定，“土地承包经营权采取转包、出租、互换、转让或其他方式流转，当事人双方应当签订书面合同。”但实践中，流转行为存在严重不规范的现象：
（1）以农户自行流转为主，极少履行报批、报备案或申请变更登记等法定手续，流转任意性大。
（2）农户流转以口头约定为主。
（3）为数不多的书面流转协议，大多也不同程度地存在概念不清、约定不明、权利义务不确定等问题。
7、土地承包经营权证书发放有尾巴。2004年完善土地二轮承包时，许多村工作不实，回避矛盾，应付上级。如有的村承包合同和权证审批表上承包农户未签字而由村干部代签、有的村将农户的证书扣留不发，这些情况在各镇、村均不同程度地存在。