(一)物理性防范措施
物理性防范措施主要指从机构安全体系方面，对保守商业秘密采取的最基本的具体措施，在实践中有着极其明显的效应。这些物理防范保密措施包括：
(1)厂区的安全设置；(2)特别的保密区域(如生产车间、检测间、研究室等)或保密室；(3)严格的出入制度和监督人员；(4)废弃物的处理；(5)保密区域的隔离措施，等等。
(二)保密规章制度
保密规章制度的制定要合理、合法、切实、可行。规章制度如果过于琐碎，会与工作不适应，因而会造成工作障碍，影响经营活动。相反，过于简单，又形同虚设。企业制定保密规章制度应当至少考虑以下几个方面：①商业秘密的范围；②商业秘密的管理者及责任；③商业秘密档案管理；④商业秘密的申报与审查；⑤商业秘密的保密义务、处罚等等。
由于保密规章制度是企业单方面的要求，不是与职工所达成的协议，所以如果现实中更加切实可行地管理商业秘密，设置规章制度还不够，应当与职工签订《保密协议》和《竞业禁止协议》。
(三)商业秘密文件管理
商业秘密文件是指文字、图片、音像及其它记录形式记载商业秘密内容的资料。包括公文、书刊、函件、图纸、报表、磁盘、胶片、幻灯片、照片、录音带等等，这些文件记载着重要的商业秘密，也须进行严格的管理。
(1)商业秘密文件密级的划分及标识。
对于属于属于商业秘密的文件应针对涉密的不同层次进行分类，并施以统一标识，对我国企业管理者而言，熟悉而简单的分类就是“绝密”、“机密”、“秘密”三个等级，并在文件首面加盖“绝密”、“机密”、“秘密”字样的印章。
(2)商业秘密文件的收发管理。
涉密文件都应建立登记制度，每份文件应注明编号、份数、制作日期、建立收文和发文制度，防止涉密文件在收、发过程中流失。
(3)商业秘密文件的保管。
对于商业秘密文件应采取一定物理性保管措施，指定专门的档案存放场所。绝密级文件应当放在保险柜里，机密级文件应当存放在保险柜或铁制文件柜里，秘密级文件应当存放在专用的普通文件柜里，因工作需要由使用者个人保管的商业秘密文件，应由有审批权限的主管领导批准，并确保文件的安全。
(4)商业秘密文件的查阅复制。
管理者首先应当对商业秘密文件的阅读权限进行划分，并形成制度。查阅涉密文件，应限制在最小的范围内。绝密文件只允许在保密室内查阅，不得擅自阅读不应该阅读的文件。所有商业秘密文件的复制都必须在企业内进行，并必须填写登记，由具有审批权限的领导审批。绝密级文件不得复制，确有必要必须复制的，应当由企业法定代表人批准，并有两名以上的主管领导签字。
(5)商业秘密文件的销毁。
涉密文件不在需要时，应当清退或销毁，企业应当规定清退或销毁的审批全县和程序，并形成纪录。