建设用地使用权消灭的原因主要有：
1、因为使用期限届满而未续期（住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期）。
《物权法》第149条规定，住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。非住宅建设用地使用权期间届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋及其他不动产的归属，有约定的，按照约定；没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。
2、被依法收回。
《土地管理法》第58条规定有下列情形之一的，由有关人民政府土地主管部门使用权：为公共利益需要使用土地的；为实施城市规划进行旧城区改建，需要调整使用土地的；土地出让等有偿使用合同约定的使用期限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的；因单位撤销、迁移等原因，停止使用原划拨的国有土地的；公路、铁路、机场矿场等经核准报废的。《物权法》第184条规定，建设用地使用权期间届满前，因公共利益需要提前收回该土地的，应当依法对该土地上的房屋及其不动产给与补偿，并退还相应的出让金。《城市房地产管理法》第26条规定，已出让方式取得土地使用权进行房地产开发的，必须按照土地使用权出让合同约定的土地用途、动工开发期限开发土地。满2年未动工开发的，可以无偿收回土地使用权；但是，因不可抗力或者政府、政府有关部门的行为或者动工开发必需的前期工作造成动工开发延迟的除外。
3、土地灭失。作为权利客体的土地不存在，则建设用地使用权自然消灭。
《物权法》规定，建设用地使用权期间届满前，因公共利益需要提前收回该土地的，应当依照法律规定对该土地上的房屋级其他不动产给予补偿，并退还相应的土地出让金。非住宅建设用地使用权期间届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋及其他不动产的归属，由于订单的，按照约定；没有约定的或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。建设用地使用权消灭的，出让人应当及时办理注销登记。登记机构应当收回建设用地使用权证书。