1、前提条件
（1）消费者和商家达成购销协议并选择用电子支票支付。
（2）消费者通过网络向商家发出电子支票，同时向银行发出付款通知单。
（3）商家通过验证中心对消费者提供的电子支票进行验证，验证无误后将电子支票送交银行索付。
（4）银行在商家索付时通过验证中心对消费者提供的电子支票进行验证，验证无误后即向商家兑付或转帐。
2、支付流程
电子支票的支付流程不是单一的，它和所要应用的电子支票系统密切相关。现举由美国卡内基·梅隆大学开发出的“Netbill”电子支票为例，介绍其网上支付流程。
（1）客户向商户请求正式的报价单，启动Netbill交易；
（2）在收到报价单请求后，商户定出价格，并返回报价单；
（3）如果客户接受所报价格，则应指示其支票簿向商户收款机发送购买请求；
（4）当收到购买请求后，收款机从商户应用中取出产品，并采用一个密钥来加密该产品。在计算出密码校验和后，将结果传送至客户支票簿；
（5）在收到加密信息后，支票簿验证校验和，随后，支票簿向商户收款机送回一份签名的电子支付定单。
（6）收款机对电子支付定单进行背书，然后将之发送至Netbill服务器。
（7）Netbill服务器在验证价格、核验和等符合规定之后，借记客户账户恰当的数额。Netbill服务器记录该笔交易并且保存一次性密钥的复制件，然后，再将包含有同意或拒绝信息的数字签名信息发送给商户。
（8）商户对Netbill服务器作出回答，如果同意，即同时将解密密钥发送给客户支票簿。