（一）信用风险
由于公司治理结构不规范，违规成本低，与企业财务状况紧密相连的风险提示处于空白状态。部分企业为了达到低成本融资的目的，对披露的财务数据、经营业绩进行一定的修饰，隐藏了一定的信用风险。如果现有制度安排中隐藏的信用风险得不到及时发现和披露，一旦市场扩容，或经济环境变化，都会使信用风险迅速扩大。少数企业违约的信用风险有可能通过市场传导为系统风险，甚至影响到整个金融体系的稳定。
（二）滚动发行机制隐含“短债长用”的投资风险
按现行规定，人民银行对企业发行融资券实行余额管理，监管部门只需控制融资券待偿余额不超过企业净资产的40%即可。这就使部分企业有可能绕过中长期企业债的限制，通过滚动发行短期融资券进行长期融资。由于监管缺失，难以避免企业将通过短期债融入的资金用作长期投资。任何中长期投资项目都面临市场、技术、产品等方面的风险，随着短期融资券发行规模的扩大，其隐含的投资风险将不断加大。
（三）短期融资券风险可能向银行转移
这主要体现在三个方面：
一是隐性担保的潜在风险。短期融资券是无担保信用债券，不少企业将银行授信额度作为提高偿债能力的条件，主承销银行出于自身利益，心甘情愿地提供隐性担保。一旦出现违约风险，企业的信用风险就可能向银行转移和积聚。
二是银行自销、自买短期融资券，容易产生泡沫，造成短期融资券异常“火爆”的假象。一旦个别企业出现兑付风险，必然引发投资者对相同信用等级短期融资券产生质疑，可能引发大范围抛售，金融机构持有的短期融资券价值将迅速下降。如果银行将短期融资券作为流动性的重要工具，必然导致银行体系流动性风险的爆发。
三是银行竞相承销短期融资券，互相挖客户，容易产生道德风险和违规风险。
（四）信用评级不成熟，道德风险加大
突出表现在评级缺乏时效，使短期融资券发行时的评级出现终身化倾向；评级手段落后，大多采用长期债券的评级方法，没有短期债券的特性；评级标准不统一；监管主体缺位，至今没有明确评级机构的监管部门，有关法律法规不健全。