根据法律的规定，侵犯商业秘密赔偿计算方式和商标、专利计算方式大致相同，一是被侵权人因为侵权遭受的损失，二是侵权人因为侵权获得的利益。但是我们注意到顺序和商标、专利不同，首选的方式是被侵权人的损失。下面分析具体运用：
一、被侵权人因为侵权遭受的损失
一般来说，确定侵犯商业秘密的实际损失应当充分的考虑以下因素：
(1)研制开发成本，包括花费的时间、金钱和付出的努力等，必须将该部分成本计入实际损失。
(2)现实的利益损失。使用商业秘密正在给权利人带来的经济利益，涉及到生产成本的降低、销售额的提高、利润率的增加等。侵犯商业秘密造成权利人现实利益的丧失属于实际损失。
(3)将来的竞争优势，即权利人对将来利益的合理预期。在因为披露而使商业秘密丧失的情况下，或者实际情况表明不易于责令停止违法行为的情况下，将来的竞争优势的丧失往往是实际损失的组成部分。确定此种损失应当考虑商业秘密新颖性的程度、经济价值的大小、利用周期的长短、市场竞争的程度、市场前景的预期等。
二、侵权人因为侵权获得的利益
从侵害商业秘密行为的损害赔偿实践来看，计算实际损失往往是非常困难的，计算利润则是相对比较容易的。就西安的案例而言，中冶连铸公司与四川川威和山东泰山分别签订了板坯连铸机的设计、安装等总合同，两个合同的总金额为1.48亿余元，但是，由于从卷中现有的中冶连铸公司的财务账目中无法确定其因两个合同所获取的利润。庭审中，原告的诉讼代理人向法庭提交了中国重型机械工业协会的专家评估意见，认为板坯连铸机成套设备设计、制造的平均销售利润为12%，按中冶连铸公司签订的两份合同的金额计算(7296万元+7560万元)×12%=1782万元。合议庭认为，赔偿额采取此种方法计算是较为客观的。
三、承担合理的费用。
这个合理的费用与商标、专利的相关规定差不多，都是调查取证的费用开支。是不是支持律师费，并没有明确的规定，在司法实践中，有的法院是会支持的。
四、连续侵权问题
连续侵权问题，商标、专利最高院都有明确的解释，但是商业秘密却没有。某些侵犯商业秘密的行为和侵犯商标、专利权一样是连续的，有的持续时间较长，此时，对损失额的计算，不能简单地以被告的侵权所得为损失额，还必须考虑时效问题，如果被害人早已知道被告人的侵权行为，却没有采取任何措施，在超过诉讼时效之后，才向有关机关寻求救济的，在审判实践中，其损失额的计算应当自向有关机关寻求救济之日起向前推算两年计算，超过两年的损失不予保护。