1、在建工程合法性风险
根据相关法律法规，抵押人必须已经取得在建工程占用土地的国有土地使用权，同时还必须已经获得有关部门关于同意其进行建造的建设用地规划许可证及其他证件。根据建设部《城市房地产抵押登记办法》和《最高人民法院关于适用<中华人民共和国担保法>若干问题的解释》，在建工程抵押贷款的借款人只能为抵押人，贷款人只能是金融机构(一般是银行)，贷款用途只能用于在建工程继续建筑资金。
2、价值确定风险
在建工程抵押权范围仅限于设定抵押时已经建成并登记的在建工程和该在建工程占用范围内相应比例的土地使用权，而不包括登记后在建工程上继续新增的层数和占用范围外的土地使用权。
3、合同风险
建设部《城市房地产抵押登记办法》规定以在建工程抵押时，抵押合同还应当载明以下内容：
(1)《国有土地使用权证》、《建设用地规划许可证》和《建设工程规划许可证》三证的编号；
(2)已交纳的土地使用权出让金或需交纳的相当于土地使用权出让金的款额；
(3)已投入在建工程的工程款；
(4)施工进度及工程竣工日期；
(5)已完成的工作量和工程量。如果用一般的抵押合同，很可能导致在建工程抵押合同无效。
4、在建工程抵押权与建设工程价款优先权冲突的风险
2002年6月20日，最高人民法院在《关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》中规定：人民法院在审理房地产纠纷案件和办理执行案件中，应依照《合同法》第286条的规定，认定建筑工程的承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权。建筑工程价款包括承包人为建设工程应当支付的工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，不包括承包人因发包人违约所造成的损失。根据《合同法》及该解释，在建工程承包人的优先受偿权优于抵押权的优先受偿权，抵押权人的优先受偿权很可能处于“有名无实”的境地。在实践中，甚至会出现工程发包人与承包人串通虚构“发包人未按照约定支付价款”的事实，导致抵押权处于法律有上效、实际上无效的状态。
5、划拨土地上在建工程抵押的风险
由于在建工程的抵押包含其所占范围内的土地使用权，因此如果土地为划拨用地，根据法律规定，一是以划拨土地上的在建工程抵押必须经具有审批权限的人民政府或土地行政管理部门批准，否则抵押无效;二是拍卖划拨的国有土地使用权所得的价款，在依法缴纳相当于应缴纳的土地使用权出金的款额后(一般不低于标定地价的40%)，抵押权人有优先受偿权。因此，划拨土地上在建工程抵押很可能面临未经批准而抵押无效或实现抵押权时价值所剩无几的风险。
6、房地产开发形成的在建工程抵押权与商品房预售冲突的风险
尽管法律明文规定“抵押期间，抵押人转让已办理登记的抵押物的，应当通知抵押权人并告知受让人转让物已经抵押的情况;抵押人未通知抵押权人或者未告知受让人的，转让行为无效。”，但通过诉讼程序解决这类纠纷，时间成本和执行难度都较大。
7、在建工程抵押权与税收优先权冲突的风险
根据《税收征收管理办法》，只要纳税人欠缴税款的行为发生在纳税人以其财产设定担保之前，即纳税人欠缴税款在先，以其财产设定担保在后，税收作为国家公权力就优先于担保物权这种私权力。如果房地产开发企业在以开发项目占用范围内的土地使用权或在建工程提供抵押之前已经拖欠税款的，抵押权人 在处置抵押物时就要受到限制，税务机关有权先于抵押权人处置并就处置价款优先受偿，收税后的剩余部分，抵押权人才可以受偿。如果抵押权人私自处置抵押物进行受偿，税务机关知道后有权在抵押物价值范围内向抵押权人追偿欠税企业应缴的税款。
8、土地抵押转为在建工程抵押过程中的操作风险
根据相关法律规定及实践，在在建工程形成之前，以净土地抵押登记，在建工程开始形成之后，土地使用权应连同在建工程转为在建工程抵押。这要求必须对原登记的土地办理抵押合同及登记注销手续，并新签订在建工程抵押合同，且重新办理登记手续。此时，如果操作不当，将会使抵押权人的抵押权落空：首先，作为抵押物的土地使用权如果已被法院或其他司法部门查封的，此时银行若到登记机关注销了原登记，却因为抵押物已经被查封而无法办理新的登记。其次，土地使用权虽然没有被查封，但在银行办理注销土地使用权抵押登记后、在建工程抵押权登记前的短暂时间内，抵押物突然被查封，此时，在建工程抵押权登记也无法办理。