(一)村组未按规定发包或调整土地引发的。《土地承包法》对土地承包的原则和程序都作了明确。但在二轮土地承包政策实施过程中，一些村组没有严格按政策和法律规定操作。有的村组没有召开村民会议或村民代表讨论土地承包方案，少数村委会甚至暗箱操作、擅自发包；有的将原承包户借给其他人耕种的承包地，在未告知原承包人的情况下，把借耕土地发包给耕种人；有的发包方就同一土地与他人订立两份以上承包合同；部分新任村干部对前任干部与承包人订立的土地承包合同拒不认可，对未到期的承包经营合同单方解除后另行发包给他人或自己承包，等等。
(二)村民之间土地流转不规范引发的。《土地承包法》规定，通过家庭承包取得的土地承包经营权，可以依法采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转。由于前几年土地耕种成本大、效益较低，有的农户不愿承包土地或弃耕，将自己的承包土地通过村委会安排给其他农户种植或私下转包给其他村民耕种，相当一部分没有签订土地流转书面协议，有的甚至既无书面约定，又无口头约定，在农业承包合同管理机关登记、备案的更少，双方在履行转包协议中发生矛盾，原承包户要求解除转包协议、收回承包地；有的村民为了便于耕作和其它的一些原因，与其他村民互换承包地，互换耕作后，有的农民发现互换的土地同自己原来耕种的土地有很多不适宜的地方，甚至有的投入大、产出少，要求重新调整双方互换的土地关系，等等。
(三)第三人侵害承包人的承包经营权引发的。《土地承包法》明确，国家保护集体土地所有者的合法权益，保护承包方的土地承包经营权，任何组织和个人不得侵犯。但在二轮土地承包实施过程中，由于家庭人口减少、不履行土地承包合同义务等原因，部分村组将一些家庭一轮承包的土地，重新发包给其他农户耕种，并办了相关书、证。近年来随着土地价值攀升，原承包户纷纷返乡要地或不愿交出土地，导致双方发生了矛盾纠纷，使土地承包合同无法继续履行；招标、
公开协商等方式承包的土地，随着土地收益的增加，一些农户认为承包费过低，要求终止合同，甚至抢占、抢种。