担保合同是主合同的从合同，主合同无效，担保合同无效。担保合同另有约定的，按照约定。担保合同是以担保主合同债权为目的的，如果主合同债权因主合同无效而不存在，则担保合同也就失去了担保的对象，因而担保合同应随主合同无效而无效。
主合同的无效，应当根据《合同法》第五十二条的规定予以确认，即“有下列情形之一的，合同无效：(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;(三)以合法形式掩盖非法目的;(四)损害社会公共利益;(五)违反法律和行政法规的强制性规定。”
同时，我们还应当明确，主合同的部分无效，不会影响担保合同的效力，也就是说，只要主合同的债权不无效，担保合同的效力则不受影响。
在司法实践中，特别需要注意的是，主合同无效，担保合同一般也无效，这是确认担保合同无效的一般原则。但对独立担保，如经常遇到担保人出具的不可撤销担保书，遇到担保合同中约定“不因主合同的无效，而导致担保合同无效。”根据《担保法》第五条第一款的规定“……担保合同另有约定的，按照约定”的立法精神看，担保合同可不因主合同的无效而无效。但应当明确的是，国内担保合同作出这样的约定是无效的，涉外担保合同则有效。
一、主合同有效，担保合同无效
担保合同作为一种民事合同，《民法通则》和《合同法》中关于民事行为或合同无效原因而不生法律效力的规定，同样适用于担保合同。根据《民法通则》、《合同法》、《担保法》的有关规定，主合同有效，担保合同无效的情形主要有如下几种：
（一）担保人主体资格不合格而导致担保合同无效。
担保人主体资格不合格导致担保合同无效的情形主要有：
1.国家机关不得为担保人。否则，担保合同无效。但应当明确的是，国家机关既包括各级党委机关、政府机关、人大机关、政协机关，又包括各级人民法院、人民检察院。
2.学校、幼儿园、医院等以公益为目的的事业单位不得为担保人。但是，应当明确的是，这些单位以其教育设施、医疗卫生设施和其他社会公益设施以外的财产为自身债务设定抵押的，人民法院可以认定抵押有效。
3.企业法人的分支机构、职能部门未经法人授权不得为担保人，否则，担保合同无效。
4.无民事行为能力人不得为担保人。
5.限制民事行为能力人所提供的担保，非为其法定代理人同意或事后追认，则担保不生效力。
6.法人的法定代表人或其他组织的负责人超越权限订立的担保合同，若相对人知道或者应当知道其超越权限，则担保合同无效。否则，担保合同有效。
（二）当事人恶意串通签订的损害国家、集体或第三人利益的担保合同，应为无效合同。
（三）一方以欺诈、胁迫的手段，使对方在违背真实意思的情况下签订损害国家利益的担保合同，应为无效合同。但依据《担保法》第三十条第二项的规定，“主合同债权人采取欺诈、胁迫等手段，使保证人在违背真实意思的情况下提供保证的”，保证合同无效。
在司法实践中，主合同债务人采取欺诈、胁迫等手段，使担保人在违背真实意思的情况下提供担保的，担保合同是否有效?根据《担保法解释》第四十条的规定，主合同债务人采取欺诈、胁迫等手段，使保证人在违背真实意思的情况下提供保证的，债权人知道或者应当知道欺诈、胁迫事实的，按照《担保法》第三十条的规定处理，即担保合同无效，担保人不承担民事责任。
（四）担保合同内容违反法律、行政法规强制性规定和社会公共利益的，应为无效担保合同。如：
《担保法解释》第五条所规定的“以法律、法规禁止流通的财产或者不可转让的财产设定担保的，担保合同无效”。《担保法解释》第六条的规定可谓根据公序良俗原则就对外担保问题作出的司法解释。未经有关主管部门批准的对外担保行为，属于违反公序良俗的行为。
就《担保法解释》第六条具体规定来说：该条第二项规定的“担保人为境外机构向境内债权人提供担保的，未经国家有关主管部门或者外汇管理局批准或者登记的”情形，实质上是境外的债务人转嫁风险的一种方式，损害了国家经济利益。第三项规定的“境内机构为外商投资企业注册资本、外商投资企业中的外方投资部分的对外债务提供担保的”情形，实质上是将导致外债风险转移给国内金融机构和企业而加大中方的筹资成本和风险，因直接或者间接地形成中方债务而损害国家经济利益。外商实际上既不出资也不承担风险却取得利益，这既违背了中外合资、中外合作企业法的基本原则，也与公序良俗原则的要求相悻。第四项所规定的“无权经营外汇担保业务的金融机构、无外汇收入的非金融性质的企业法人提供外汇担保的”情形，在没有外国机构和外资企业的等值外汇资产作抵押的证明的前提下，实际上违反了我国外汇管制规定，损害国家金融和外汇管理秩序。第五项规定的“对外担保合同或者主合同进行变更，或者债权人将对外担保合同项下的权利转让”的情形，应视为新的对外担保，必须经担保人同意和外汇管理局批准，否则合同条款的变更将会加重担保人的责任而增加担保风险，担保人可以免责。
《担保法解释》运用公序良俗原则作为评判行政规章中的禁止性和强行性规定的重要标准的做法，对于人民法院在合同法实施后应如何对待行政规章中的禁止性、强制性规定问题，无疑颇具启示性的指导意义。
（五）代理人超越代理权限签订担保合同或者以被代理人名义同自己或自己代理的其他人签订担保合同，被代理人不予追认，也不能构成表见代理的，其担保合同对被代理人不生效力，由行为人承担责任。