一、按新协议履行
合同的变更，主要是在保持原合同关系的基础上，使合同内容发生变化。合同变更的实质是以变更后的合同条款代替了原合同条款，使当事人之间产生了新的权利义务关系。因此，在合同发生变更以后，当事人应当按照变更后的内容履行，任何一方违反变更后的合同内容都构成违约。
合同的变更不能对已履行的部分产生效力，对于已按原合同所作的履行无溯及力，任何一方都不能因为合同的变更而单方面要求另一方返还已经作出的履行。但是，对于已经支付的价款或者报酬(或其他费用)和标的物数量多于变更后的，多收的部分应当返还。
二、合同变更造成对方损失的赔偿责任
1、变更合同的赔偿责任
变更合同的赔偿责任，是指因变更合同使一方当事人遭受损失，除依法可以免除责任的外，责任方对该损失所承担的赔偿责任。合同变更同损害赔偿的关系比较复杂，既包括是否赔偿问题，也包括赔偿范围问题，需要根据具体情况分别处理。
因当事人原因(含订约过错、违约原因和当事人自身其他原因)而变更合同的赔偿责任。在因当事人原因变更合同的，如果造成损失，应当由责任方负责赔偿。在双方都无过错的情况下，提出变更的一方当事人应负变更的责任。需要指出的是，如果合同的变更是由于双方当事人的责任，就应根据各自责任的大小，由各自分担相应的责任。
因上级机关原因而变更合同的赔偿责任。根据《民法通则》一百一十六条规定，当事人一方由于上级机关的原因，不能履行合同原义务的，应当按照合同的约定向另一方赔偿损失或者采取其他补救措施，再由上级机关对它因此受到的损失负责处理。因当事人上级机关原因而变更合同的，可以归为上述因当事人原因而变更合同内。
2、免责情况
根据有关法律规定，并结合实践，变更合同时，主要在下列情况下可以免除。
当事人变更方或者责任方的赔偿责任：
因不可抗力或者情势变更而变更合同的。当事人一方因不可抗力导致合同的原义务不能履行而变更合同的，可以根据情况部分或者全部免予承担责任(包括赔偿责任)；但是，在当事人一方逾期履行中发生不可抗力致使合同不能履行时，该方当事人不能免除责任，即仍应承担赔偿责任。对于情势变更，也可比照适用不可抗力的办法处理。
其他法律规定或者当事人约定变更合同时可以免责的。在合同明确规定免责的情况下，只要不违反法律规定，当一方当事人提出变更时，可以不承担赔偿责任。