对于专利申请文件修改规则而言，最基本的修改限制是修改文件不得超出原说明书和权利要求所记载的内容，同时还应当考虑如下因素：
第一、专利局与专利申请人之间的地位不平衡。专利申请的审查是审查员与申请人之间确定合适的授予专利权的保护范围的过程。审查员代表专利局进行审查行为，属于行政行为，专利局是行政主体，申请人是行政相对人，申请人明显处于劣势。因此在专利审查的过程中应当为申请人提供一些优越的条件，来保证申请人权利的实现。在专利审查过程中给予申请人修改文件和陈述意见的机会就是平衡专利局和申请人之间地位差别的重要措施之一。
第二、规定的修改时机与专利申请人希望做出修改的时机应当一致。在既没有审查的意见，也没有检索的结果的时候，给予申请人主动修改的机会的意义不是很大。
第三、专利申请文件的修改应当经受审查。特别是，在申请文件提交后到公布之前的修改应当接受审查，以保证公开的专利申请不超出原始申请公开的范围，从而公众所能看到的专利申请公开文本不超出原始申请公开的范围，保护公众的利益。
第四、节约程序。即主动修改的机会应当受到适当的限制，以避免过多次数发出审查意见和修改、答复，拖延审查周期。
现行《专利法实施细则》和《审查指南》中的专利文件修改规则所提供给申请人的修改机会不够，不利于保护发明创造。综合考虑以上因素，这里按照专利申请文件的各个阶段分别提出一些关于专利申请文件修改规则的建议。
第一，答复第一次审查意见通知书
在答复第一次审查意见通知书时，应当准许申请人主动修改文件。第一次审查意见通知书是申请人自提交专利申请文件后收到的第一个对申请内容进行评价的官方意见。第一次审查意见通知书中一般包括审查员引用的对比文件以及审查员的反对理由。此时，专利申请人根据审查员引用的对比文件，并结合审查员的意见，重新分析所申请发明的新颖性和创造性，从而能够界定出发明的最适当的保护范围。
第二，公布之后
当一项发明专利申请提交以后，该发明所涉及的技术内容已经固定下来，在任何阶段都不能对申请中的实质性的技术内容做出修改。也就是说专利申请中不得加入新的内容。如果专利申请人可以任意地在所提交的专利申请中加入新的内容，那么，因为修改的效力是追溯到申请提交之日的，所以就会与专利体制的目的相背离，在专利体制中，专利性判断的时间基准是申请提交的时间。但是，申请人在所公开的技术内容的基础上所要求的权利范围是可以更改的。申请人所希望的专利权利范围随着时间和与专利相关的产品市场格局的变化会有所变化。申请人在提交专利申请时所撰写的权利要求的保护范围在两年后可能没有任何价值，但是申请文件所公开的其他技术内容可能成为申请人所希望保护的发明。在这种情况下，如果不允许申请人修改申请文件，那么专利局审查的专利权利要求就成为专利申请人所不需要的权利要求，而申请人所希望的权利要求则不能得到审查。
从专利申请公布后到专利局发出第一次审查意见的整个期间都允许专利申请人提出主动修改，可以避免审查员审查申请人已不希望要的权利要求，从而更好地保护申请人的权利，并提高审查效率。
第三，第一次审查意见通知书的引用文件
第一次审查意见通知书应当列出审查员检索的相关文件，不论是否引用。在目前的专利审查实践中，审查员在第一次审查意见通知书中所列出的对比文件必须在审查意见通知书中予以引用，不引用的文件则不列在审查意见通知书中。这种审查方式很不利于提高审查效率。如果审查员将所检索的相关文件全部列在审查通知中，申请人可以一次性考虑全部对比文件，可能一次主动修改就能形成一份可以获得批准的权利要求，从而大大缩短审查时间。
审查员检索的相关文件分为两个部分，审查员在审查通知书正文中引用以评价专利性的对比文件，可以称之为“引用的对比文件”；审查员在审查意见通知书正文中不引用的对比文件，可以称之为“其他对比文件”。这种方式一方面有利于申请人修改申请文件时考虑可能被审查员后续引用的文件，以提高审查效率，另一方面，这些在案卷历史中的文件也可以被公众所利用。检索的相关文件可以参照PCT检索报告的方式列出。
第四，继续审查通知
当审查意见通知书中引用新的对比文件时，申请人要重新审视自己的发明。审查员所指引的修改方向未必是正确的。即使审查员指引的修改方向是可以授权的，但未必是专利申请人所希望的可以用专利来保护的权利要求范围。此情况下应当准许申请人进行主动修改。