股票清算是指将买卖股票的数量与金额分别给以抵销，然后通过证券交易所交割净差额股票或价款的一种程序。
一、股票清算价格
股票的清算价格是指一旦股份公司破产或倒闭后进行清算时，每股股票所代表的实际价值。从理论上讲，股票的每股清算价格应与股票的帐面价值相一致，但企业在破产清算时，其财产价值是以实际的销售价格来计算的，而在进行财产处置时，其售价一般都会低于实际价值。所以股票的清算价格就会与股票的净值不相一致。股票的清算价格只是在股份公司因破产或其他原因丧失法人资格而进行清算时才被作为确定股票价格的依据，在股票的发行和流通过程中没有意义。
二、股票清算的交割程序
股票清算后，即办理交割手续。所谓交割就是卖方向买方交付股票而买方向卖方支付价款。
交割分为两个程序：
1、证券商的交割证券交易所清算部每日闭市时，依据当日“场内成交单”所记载各证券商买卖各种证券的数量、价格，计算出各证券商应收应付价款的相抵后的净额及各种证券应收、应付相抵后的净额，编制当日“清算交割汇总表”和各证券商的“清算交割表”，分送各证券商清算交割人员。各证券商清算人员接到“清算交割表”核对无误后，须编制本公司当日的“交割清单”，办理交割手续。
在办理价款交割时，依下列规定完成交割手续：
（1）应付价款者，将交割款项如数开具划帐凭证至证券交易所在人民银行营业部的帐户，由交易所清算部送去营业部划帐。
（2）应付价款者，由交易所清算部如数开具划帐凭证，送营业部办理划拨手续。
在办理证券交割时，依下列规定：
（1）应付证券者，将应付证券如数送至交易所清算部。
（2）应收证券者，持交易所开具的“证券交割提领单”，自行向应付证券者提领。由于交易所往往设立了集中保管制，所以证券的交割可通过交易所库存帐目划转完成。
2、证券商送客户买卖确认书证券商的出市代表在交易所成交后，应立即通知其证券商，填写买进(卖出)确认书。深圳证券交易所规定，买卖一经成交，出市代表应尽快通知其营业处所，以制作买卖报告书，于成立后的第二个营业日通知委托人(或以某种形式公告)，并于该日下午办理交割手续。买卖报告书应按交易所规定的统一格式制备。买进者以红色印制，卖出者以蓝色印制。买卖报告书应记载委托人委托人姓名、股东代号、成交日期、证券种类、股数或面额、单价、佣金、手续费、代缴税款、应收或应付金额、场内成交单号码等事项。
有关交割的一些规定对于交割，证券交易所一般规定：
（1）在交割日的规定时间内，买方应将价款，卖方应将证券送至清算部。
（2）卖方将证券交付买方时，意味着权利的相应转移。
（3）证券商不得因客户的违约而不进行交割。
（4）证券商违背义务时，证券交易所可在交割当日收盘前一定时间内指定其他证券商代为卖出或买进。价格上发生的差额以及经纪人佣金及其他费用，应由违背交割义务的证券商负担。若交割日收盘前无法了结交易，则应由证券交易所从证券商中选定3-5人为评价人，评定该证券的价格，作为清算的依据。
（5）若证券商违背交割义务时，其经受的已成交但尚未交割的各种其他买卖，可由证券交易所指定其他证券商代为了结。