第一，应将无权处分、善意取得与表见代表及其后果规定区分开来。根据《合同法》第50条的规定，法人或者其他组织的法定代表人、负责人超越权限订立合同，处分单位的财产的，除相对人知道或者应当知道其超越权限的以外，该代表行为有效，对财产的处分亦属有效。善意相对人的权益和所取得的财产依表见代表的规定而受保护，此与物权法上的善意取得亦有相似之处，但其制度构造和适用条件有所不同，不能混为一谈。
第二，应将无权处分他人之物而发生的第三人善意取得，与对自己财产的处分权受到限制而擅自处分的情况区分开来。对自己的财产的处分权依法受到限制（如被监管、扣押、查封）却擅自为转让、抵押等处分行为的，善意第三人能否受保护的问题，应依其他规则处理。此种情况不属于物权法上因对他人的财产处分而发生的第三人善意取得问题。
第三，应将善意取得适用前提中的无权处分与行为能力欠缺而为处分行为的情况区别开来。无行为能力人、限制行为能力人隐瞒其行为能力状况，使他人误信其为有行为能力人而与之进行交易行为的，善意受让人的权益保护问题应依《民法通则》和《合同法》的相关规定处理，而不能依据物权法上善意取得规定处理。
第四，关于债权或由证券表彰的债权以及知识产权、股权等权利是否可有善意取得制度的适用。对此问题，学界有不同的认识。不少人认为，此属于善意取得制度在适用的客体范围上的扩张。依据我国《物权法》的规定和物权法理，物权法上善意取得规定只适用于两种情况：其一，无处分权人处分他人的物权而为第三人善意取得；其二，无处分权人所处分的虽为物权之外的其他权利，但为善意第三人所设定的或者说第三人所取得的权利属于物权（例如，将他人的债权、股权、知识产权等为第三人设定权利质权）。因此，无处分权人对物权之外的其他权利之处分，只有在前述第二种情况下才属于物权法问题。如果无权处分人只是将本属于他人的债权、股权、知识产权等转让与第三人（或将知识产权许可他人使用），虽然原则上亦有善意第三人受法律保护规则之适用，但此种情况已不属于物权法上的善意取得问题，不能混为一谈。