一、申请阶段
从事食品生产加工的企业（含个体经营者），应按规定程序获取生产许可证。新建和新转产的食品企业，应当及时向食品药品监督管理局申请食品生产许可证。省级、市（地）级食品药品监督管理局在接到企业申请材料后，在15个工作日内组成审查组，完成对申请书和资料等文件的审查。企业材料符合要求后，发给《食品生产许可证受理通知书》。
企业申报材料不符合要求的，企业从接到食品药品监督管理局的通知起，在20个工作日内补正，逾期未补正的，视为撤回申请。
二、审查阶段
企业的书面材料合格后，按照食品生产许可证审查规则，在40个工作日内，企业要接受审查组对企业必备条件和出厂检验能力的现场审查。现场审查合格的企业，由审查组现场抽封样品。
审查组或申请取证企业应当在10个工作日内（有特殊规定的除外），将样品送达指定的检验机构进行检验。
经必备条件审查和发证检验合格而符合发证条件的，地方食品药品监督管理局在10个工作日内对审查报告进行审核，确认无误后，批准发证。
三、发证阶段
经省级食品药品监督管理局审核批准后，在15个工作日内，向符合发证条件的生产企业发放食品生产许可证及其副本。
（一）许可证相关时间
1、证书
食品生产许可证的有效期为3年。不同食品其生产许可证的有效期限在相应的规范文件中规定。
2、换证
在食品生产许可证有效期满前6个月内，企业应向原受理食品生产许可证申请的食品药品监督管理局提出换证申请。食品药品监督管理局应当按规定的申请程序进行审查换证。
3、年审
对食品生产许可证实行年审制度。取得食品生产许可证的企业，应当在证书有效期内，每满1年前的1个月内向所在地的市（地）级食品药品监督管理局提出年审申请。年审工作由受理年审申请的食品药品监督管理局组织实施。年审合格的，食品药品监督管理局应在企业生产许可证的副本上签署年审意见。
4、变更
食品生产加工企业在食品原材料、生产工艺、生产设备等生产条件发生重大变化，或者开发生产新种类食品的，应当在变化发生后的3个月内，向原受理食品生产许可证申请的食品药品监督管理局提出食品生产许可证变更申请。受理变更申请时，食品药品监督管理局应当审查企业是否仍然符合食品生产企业必备条件的要求。
企业名称发生变化时，应当在变更名称后3个月内向原受理食品生产许可证申请的食品药品监督管理局提出食品生产许可证更名申请。