商标异议制度存在一定的负面作用。主要表现在：
首先，从制度设计的角度来看，异议程序虽然不是每一个申请注册商标都必须经历的程序（据统计，被异议商标的数量约为初步审定公告商标的2%-3%），但异议期间却是从初步审定到获准注册所必须经历的。即使没有发生商标异议，初步审定公告的商标也要等到三个月的异议期满后才能获准注册，从而延长了商标不受法律保护的空白期。因为少部分初步审定商标可能存在瑕疵而使大部分没有问题的商标跟着一起权利待定，此种规定是否合理曾经引发争论。
其次，被提出异议的商标也只是可能存在瑕疵，其最终能否获准注册，还需经有关机关的审查。从商标局异议裁定工作的实际情况看，裁定异议成立不予注册的商标不到整个异议案件的50%。造成这种情况的原因在于：第一，部分异议人的认识不到位，维权心情过于迫切、害怕被侵权的心理过于敏感，对其实并不侵害自己权益的商标也提出了异议；第二，部分异议人对商标异议工作不够了解，未能充分阐述异议理由；第三，部分异议人对举证不重视，虽然提出了主张，但缺乏充足证据来证明，致使其异议理由得不到商标局支持。由于商标一旦被提出异议，就不能及时确权，异议裁定的时间又比较长（目前，商标局异议裁定需要两年多时间，如果当事人对商标局裁定不服提出异议复审的，评审时间可能更长。如果当事人对评审裁定依然不服的，还可以向人民法院提起诉讼），造成被异议商标的权利长期处于待定状态，不利于被异议人围绕被异议商标开展经营活动。
再次，还可能出现恶意异议的情况，即出于不正当的目的利用商标异议程序阻止他人的商标及时注册。实践中存在两种类型：第一，利用异议程序敲诈对方当事人。例如，曾经有某自然人针对国内一家知名的饮用水生产企业申请注册的商标提出异议，然后通知被异议人，要求被异议人支付20万元作为代价换取其撤回异议。第二，利用异议程序作为打击竞争对手的手段。例如，某公司原本就在仿冒竞争对手的商标，在得知对方已经申请注册商标后，就提出商标异议，阻止其注册。然后，趁异议裁定期间对方商标不享有专用权之机大肆仿冒。针对恶意异议的情况，《商标法实施条例》第二十三条规定，“经异议裁定核准注册的商标，自该商标异议期满之日起至异议裁定生效前，对他人在同一种或者类似商品上使用与该商标相同或者近似的标志的行为不具有追溯力；但是，因该使用人的恶意给商标注册人造成的损失，应当给予赔偿。”据此，恶意异议人在异议裁定期间于相同或类似商品上使用与被异议商标相同或近似的商标具有不法性，并需承担赔偿责任。同时，对于借用商标异议程序敲诈、勒索被异议人的，被异议人可以提供相关证据请求商标局提前裁定异议案件。