1、应明确证据保全申请书的内容。
行政诉讼法可规定证据保全申请须记载下列内容：(1)对方当事人的名称、请求保全的事项；(2)应保全的证据，包括证明申请人具有请求权的证据和证明保全的必要性的证据；(3)申请保全证据的理由；(4)依该证据应证明的事实。这里值得注意的是，被保全的证据必须能够证明争议的行政法律的法律事实以及其他待证事实。
2、审查。
法院应当对申请人的申请、证据进行审查，这种审查，应围绕保全的条件进行，审查申请人是否具有请求权，是否存在影响将来判决的因素，如不保全是否会使损失进一步扩大。
3、应规范证据保全的判定形式。
对于准许证据保全申请应以什么样的方式作出，行政诉讼法没有明确规定。实践中，绝大多数法院以裁定的形式作出，这样处理具有可行性，因为裁定主要用于解决诉讼中程序性的问题。但是由于缺乏明确的规定，因而在适用上难免发生混乱，有的法院采用裁定的形式，有的法院则采用决定的形式。所以，行政诉讼法应明确规定有关证据保全程序的处理应采用裁定形式。
4、诉讼中止时应允许申请证据保全。
由于证据保全是有时间上的紧迫性，如果不及时地予以调查和固定，则有灭失或以后难以取得之危险，因此应明确规定，对于在诉讼中止时提出证据保全申请的，人民法院也应依法及时作出准许或驳回申请的裁定。
5、应规定对驳回申请的裁定之救济程序。
当事人申请证据保全时，人民法院可能裁定准许，也可能会裁定予以驳回。对于驳回申请的裁定，行政诉讼法未规定任何救济程序，这种情况极不利于对申请人的权益提供充分的保护。因为，由于认识上的偏差，人民法院有时可能会对应予准许的证据保全的申请都裁定予以驳回，对于驳回申请的裁定，行政诉讼法应该赋予当事人一定的救济手段。而在我国行政诉讼中允许上诉的裁定的范围相对来说较窄，因而，对于驳回证据保全申请的裁定可规定允许申请人申请复议一次，以加强对申请人的权益保护。
6、应明确证据保全程序的费用负担。
人民法院采取证据保全措施时，必定会花费一定的费用，对于这笔费用应当如何负担的问题，现行行政诉讼法及《人民法院诉讼收费办法》均未明确规定，这种诉讼保全程序的费用，应当作为诉讼费用的一部分，按照诉讼费用负担的一般原则来确定应由谁负担。在一般情况下，应确定由败诉人负担，这样规定有利加强对权利人的权利保护，促使义务人正确履行义务，减少和预防行政纠纷发生。