两者的区别主要表现在以下三个方面：
(一)适用范围不同：行政审批的适用范围较宽，可以归入行政审批的项目种类按照目前的统计不下于50种，甚至包括推荐、命名、备案、证明等。而根据《行政许可法》第二条的规定，行政许可大体上可以分为五类：
1、普通许可：直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控，生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按法定条件予以批准的事项。例如，食品卫生许可、危险化学品的生产销售许可等。这类许可依法律规定的条件规定，并无数量上的限制。
2、特许：有限自然资源的利用、公共资源的限量以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项。例如：采矿许可，取水许可，海域使用许可，无线电频率许可(垄断行业)等。这类许可一般有数量限制，应当通过招标、拍卖的方式决定。
3、认可：提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项。例如：医师、律师、会计师资格，建设企业的资质等。这类许可事项一般应通过考试、考核等方式决定。
4、核准：直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项：如电梯运行的核准，动物及动物产品的检疫等。
5、登记：企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项，这类许可主要是形式审查。
(二)设定的条件不同。行政许可是一项重要的行政权力。《行政许可法》规定：只有法律、行政法规和国务院有普遍约束力的决定可以设定行政许可，地方性法规可以依据法定条件设定行政许可，地方政府规章可以依据法定条件设定临时性行政许可。其他规范性文件一律不得设定行政许可。
而行政审批事项的设定，法律并无严格限制，各级行政机关(也包括非行政机关)都可以设定审批事项。
(三)指向的对象不同：行政审批的对象十分宽泛，除了公民法人和其他组织外，还包括行政机关本身。它不仅涉及外部对象，也涉及行政机关内部事项；而按照《行政许可法》(第三条)的规定，行政许可的对象仅仅是公民法人和其他组织，并不包括行政机关对其他机关或者其直接管理的事业单位的人事、财务、外事等事项的审批，当然也不包括行政机关的内部审批事项。
行政许可与行政审批有差别，行政许可是行政审批的一部分。行政许可与行政确认也是不同的，如果相对人的权利形成于行政机关作出决定之前，则是行政确认，如果相对人的权利产生于行政机关作出决定之时，则是行政许可。行政许可与行政登记也是不同的，一是行政登记没有裁量权，行政许可有裁量权。