较之纯国内案件，涉外民商事诉讼的管辖制度也存在特殊性，主要体现在以下六方面：
一、集中管辖制度
秉着涉外无小事理念和打造审判精品战略，我国建立了涉外案件集中管辖制度。根据2002年《最高人民法院关于涉外民商事案件诉讼管辖若干问题的规定》，有权管辖第一审涉外民商事案件的法院包括：
（一）国务院批准设立的经济技术开发区人民法院；
（二）省会、自治区首府、直辖市所在地的中级人民法院；
（三）经济特区、计划单列市中级人民法院；
（四）最高人民法院指定的其他中级人民法院；
（五）高级人民法院。
截至2014年10月底，全国共有203个中级法院和204个基层法院具有一审涉外民商事案件管辖权。
二、特殊地域管辖制度
与国内案件“原告就被告”的一般地域管辖规则不同，我国《民事诉讼法》第二百六十五条规定：因合同纠纷或者其他财产权益纠纷，对在我国领域内没有住所的被告提起的诉讼，可以由位于我国境内的合同签订地、合同履行地、诉讼标的物所在地、可供扣押财产所在地、侵权行为地或者代表机构住所地人民法院管辖，以便我国当事人在本国解决相关争议。
此外，该法第二十二条还规定，对不在我国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼，可由原告住所地或经常居住地人民法院管辖。
三、专属管辖制度
专属管辖是指一国法院出于维护本国（公民）利益之目的，对某些涉外民商事案件具有独占管辖权，从而排除其他国家法院对此类案件的管辖，但专属管辖仅针对法院管辖而言，并不限制当事人约定仲裁作为争议解决方式。
如我国《民事诉讼法》第二百六十六条规定，因在我国履行中外合资经营企业合同、中外合作经营企业合同、中外合作勘探开发自然资源合同引起的纠纷由我国人民法院管辖。
四、协议管辖制度
我国原则上赋予涉外民商事案件的当事人合意选择本国或者外国管辖法院的权利，以体现当事人意思自治，前提是此种选择必须采用书面形式、且不得违背我国专属管辖制度。
根据最新《民事诉讼法司法解释》第五百三十一条，涉外案件当事人选择的法院可以是被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地、侵权行为地等与争议有实际联系地点的外国法院。
从上述规定可以看出，当事人在选择外国管辖法院时，被选择法院所在地必须与争议具有实际联系，否则可能会导致约定无效。
五、不方便管辖法院制度
较之国内案件，涉外民商事诉讼存在取证更难、送达更难、执行更难等难点。有时候强行要求法院审案既不利于法院工作，也无益于当事人权利的维护，对此我国规定了不方便管辖法院制度。
即《民事诉讼法司法解释》第五百三十二条规定，涉外民事案件同时符合下列情形的，人民法院可以裁定驳回原告的起诉，告知其向更方便的外国法院提起诉讼：
（一）被告提出案件应由更方便外国法院管辖的请求，或者提出管辖异议；
（二）当事人之间不存在选择我国法院管辖的协议；
（三）案件不属于我国法院专属管辖；
（四）案件不涉及我国国家、公民、法人或者其他组织的利益；
（五）案件争议的主要事实不是发生在我国境内，且案件不适用我国法律，人民法院审理案件在认定事实和适用法律方面存在重大困难；
（六）外国法院对案件享有管辖权，且审理该案件更加方便。
六、平行诉讼/管辖制度
与国内案件禁止重复诉讼不同，我国对涉外民商事案件确定了平行诉讼管辖制度，以维护我国司法主权。
即《民事诉讼法司法解释》第五百三十三条规定，对于外国法院和我国法院均有管辖权的案件，一方当事人向外国法院起诉，而另一方当事人向我国法院起诉的，人民法院可予受理。判决后，外国法院申请或者当事人请求人民法院承认和执行外国法院对本案作出的判决、裁定的，不予准许；但双方共同缔结或者参加的国际条约另有规定的除外。
作为例外，如果外国法院判决、裁定已被人民法院承认，当事人就同一争议又向人民法院起诉的，人民法院不予受理。