根据《营业税暂行条例》的规定，建筑业的总承包人将工程分包或者转包给他人，以工程的全部承包额减去付给分包人或者转包人的价款后的余额为营业额。也就是说，存在工程分包的情况下，总承包单位应以全部承包额减去付给分包方价款后的余额计算缴纳营业税，分包人应该就其完成的分包额承担相应的纳税义务。同时，按照规定，总承包人属于法定的代扣代缴纳税义务人，在与分包方办理已完工程价款结算时，还应以与分包方结算的工程价款为依据计算并代扣代缴其营业税。总承包人代扣代缴分包人营业税后，应按规定对分包人开具《中华人民共和国代扣代收税款凭证》，分包人以此作为其完税凭证。
大型工程项目施工往往涉及多个行政区域，而营业税属于地方税，由于地方利益竞争，在纳税实践中分包工程的纳税地点有时也成为焦点问题。按照《营业税暂行条例》的规定，建筑安装业务实行分包或转包的，总承包人应该按照建筑业营业税纳税地点的规定，扣缴分包或转包人应缴的营业税，即建筑业营业税的纳税地点在什么地方就在什么地方代扣代缴，具体来说就是：①非跨省工程的分包或转包，由扣缴人在工程所在地代扣代缴。②跨省工程的分包或转包，由扣缴人在扣缴人的机构所在地代扣代缴；如果分包或转包人将工程再一次分包或转包出去，有一段工程仍是跨省工程，该段跨省工程的营业税亦由总承包人在其机构所在地代扣代缴。
如中铁公司(驻北京)承包郑州至武汉的某高速公路工程，把其中两部分分包给甲、乙两施工企业，分段分包或转包后，如果没有跨省，则这两个施工企业应缴纳的营业税由中铁公司代扣后，在工程所在地缴纳；如果工程跨省，则跨省工程的营业税，由中铁公司代扣后在北京缴纳；如果甲企业将所分包的跨省工程的一部分再次分包给丙、丁两企业，若丙企业所分包的工程未跨省，其应缴营业税由中铁公司代扣后，在工程所在地缴纳，若丙企业所分包的工程跨省，其应缴营业税仍由中铁公司代扣后在北京缴纳。
另外，建筑安装工程的总承包人为境外机构，且其在中国境内没有经营机构或代理者的，不管此工程是否实行分包或转包，全部工程应纳的建筑业营业税税款均由建设单位扣缴。
在会计核算时，分包工程的营业税等流转税由承包方代扣代缴，并由承包方从每期的分包进度款中扣回，这部分流转税形成分包方企业的营业税金及附加；与承包方自行完成部分的营业额相关的流转税形成承包方企业的营业税金及附加。