一、严格适用合同法关于无效合同的处理原则
建设工程合同作为我国《合同法》中十五种有名合同之一，必须严格遵守《合同法》总则的规定。《合同法》第五十八条规定：“合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。”
1、对于已经收取的管理费。建设工程合同被确认无效后，合同自始无效，双方基于该合同取得的财产，应当予以返还。即违法分包人、非法转包人基于无效合同已经收取的管理费，应当返还实际施工人。
2、对于尚未收取的管理费。合同被确认无效后，合同中尚未履行的义务无需再履行。即违法分包人、非法转包人基于无效合同尚未收取的管理费，实际施工人无需再缴纳。
二、根据公平原则对管理费进行区分
我国《民法通则》第四条规定：“民事活动应当遵循自愿、公平、等价有偿、诚实信用的原则。”我国《合同法》第五条规定：“当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。”
1、对于已经收取的管理费
如前所述，建设工程合同无效后，违法分包人、非法转包人基于无效合同已经收取的管理费，应当返还实际施工人。但是，如果违法分包人、非法转包人实际履行了管理义务，则根据公平原则，实际施工人应当支付违法分包人、非法转包人与其实际履行管理义务对应的劳务费用，具体数额可由人民法院根据案件实际情况酌定。
扣除上述劳务费用后，剩余的违法分包人、非法转包人已经收取的管理费应当返还实际施工人。这样既符合无效合同的处理原则，又避免了实际施工人因无效合同而“超过有效合同能够获得的利益”，体现了公平公正的法律原则。对与违法分包人、非法转包人实际履行管理义务对应的劳务费用，应当如何处理？将在下文中论述。
2、对于尚未收取的管理费
如前所述，建设工程合同无效后，实际施工人尚未支付的管理费无需再缴纳，也就不存在对管理费进行区分的问题。
三、属于“违法所得”部分的管理费的处理方法
《解释》第四条规定：“承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效。人民法院可以根据民法通则第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得。”
1、对于已经收取的管理费
对于“当事人已经取得的非法所得”，应当理解为“实际施工人已经给付的管理费中，属于违法分包人、非法转包人所有”的那部分，而并非违法分包人、非法转包人所收取的全部管理费，否则就相当于既确认合同无效，又要求当事人履行合同内容，这与法律的基本原则是相违背的。前文论述中的“与违法分包人、非法转包人实际履行管理义务应获劳务费用相对应的管理费部分”，才是“当事人已经取得的非法所得”，人民法院可以“予以收缴”。剩余部分管理费，则应当返还实际施工人。
2、对于尚未收取的管理费
根据《解释》第四条规定，人民法院收缴当事人非法所得的前提条件为当事人已经实际取得的管理费，对于尚未收取的管理费，因当事人没有实际取得，不属于人民法院可以收缴的范围。对这部分管理费，基于合同无效，实际施工人不需要再缴纳。